Shinji bangun setelah 14 tahun di kapal perang AAA Wunder milik organisasi anti-NERV yang didirikan oleh mantan anggota NERV. Shinji mendengar suara Rei dari EVA Mark.09, yang dikirim menyelamatkannya. Dia pun meninggalkan Wunder dan pergi ke NERV. Kaworu Nagisa menunjukkan tanah yang diubah pada Shinji. Dia mengetahui menyelamatkan Rei memicu Nyaris Benturan Ketiga yang membuat Bumi rusak parah.
