ポケットモンスターダイヤモンド・パール

はなればなれになったピカチュウを必死で探すサトシは、森の中でムックルをゲットしている少年に出会った。ポケモンに対する考え方が全く異なるその少年に挑発され、サトシは３対３のポケモンバトルをするハメに。しかしその頃、ヒカリとポッチャマと行動していたピカチュウは謎の巨大なメカからの襲撃を受け大ピンチに！果たしてサトシのバトルは、そしてピカチュウたちの運命は！？

コトブキタウンに向かう途中、ロケット団の気球に連れ去られてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球を落とすことに成功するが、落ちた先は遠い湖の方角だった。サトシたちは湖に向かって走る。一方、墜落した気球からピカチュウを助けたのは、野生のナエトルだった。男気とガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団を追い払うが、なんと、あとから駆けつけたサトシまで敵だと思い込んでしまう。

ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口の横にふてくされた表情で座っている変なポケモンがいた。一瞬目が合ったニャースは、妙なものを感じて目をそらし、早くその場を離れようとする。しかし、その変なポケモンはかったるそうにニャースの後をずっとついてくるのであった。不気味に思ったニャースはスタスタと逃げ出すが・・・。この謎のポケモン、一体何者？

サトシたちの旅の朝はあわただしく始まる。ヒカリは寝癖が直らないと騒ぎ、サトシはいたずら者のエイパムに帽子を奪われ取り戻そうとドタバタ。騒動の中、ピカチュウが勢い余って道路に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故というタイミングに、何者かが捨て身で飛び出し、ピカチュウを救いだした！驚異的なジャンプ力を持つピカチュウの恩人の正体とは！？

サトシたちはシンオウ地方一番の大都会、コトブキシティにたどり着いた。到着するや、ヒカリは雑誌を片手に何かを探しはじめる。聞けば“ポケッチ”なる便利な機能がついた時計が、いま流行しているのでどうしても欲しいのだとか。「絶対、ゲットしなくちゃ！」と意気込むヒカリ。しかし駆け込んだ店で、突然ポケッチが発売中止になったと聞かされる。落ち込むヒカリだったが、目の前に優しいピエロが現れて・・・。

コトブキシティで、初めてのポケモンコンテストに参加することにしたヒカリ。コンテスト用のドレスに着替えてすっかり上機嫌だったが、大事なアクセサリーを落としてしまい、早くも先行き不安な様子。その後、本番に向けてサトシとピカチュウ相手に特訓をするヒカリとポッチャマだったが、それを見ていたエイパムが突然、飛び込んできて見事な技を披露した。ヒカリはサトシにエイパムでのコンテスト出場を勧めるが・・・。

ポケモンコンテスト コトブキ大会に出場したヒカリとサトシは、無事１次審査を通過し、２次審査のコンテストバトルに勝ち進んだ。サトシはこのコンテストを勝ち抜き、クロガネジムのバッジもゲットしてみせると豪語するが、それを聞いたある少女が「ジムを目指すなら、コンテストに出ないで欲しい」と言う。彼女は１次審査を見事なパフォーマンスで通過した、ノゾミと名乗るコーディネーター。いったい、その言葉の真意とは・・・？

健闘したものの、ジムリーダー・ヒョウタの前に惜しくも敗れたサトシ。ヒカリは、カントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。そこでタケシはサトシにある練習法を提案する。そして、時を同じくして街の炭坑博物館では、古代ポケモンが大暴れをはじめて大パニックに！いったい何が起こったというのか！？

次なるジムのあるハクタイシティに向かう道中の草原で、サトシたちは“でんきりすポケモン”のパチリスに出会った。その可愛らしいルックスと愛くるしい仕草に、すっかり一目ぼれしてしまったヒカリは、何が何でもゲットしようとバトルを挑むことに。ポッチャマとミミロルのがんばりで苦戦の末、なんとかパチリスのゲットに成功したヒカリだったが、このパチリス、何ととんでもない性格の持ち主だった！！

サトシたちの目の前に突如として現れた、ボーマンダに乗った謎の女性。彼女はハイテクメカを使いこなし、ポケモンをまるで銅像のように固めて奪い去る、悪のポケモンハンターの一員だった！ポケモン強奪の現場を目の当たりにしたサトシは、ハンターの後を追うが、なんと反撃にあった上にピカチュウを奪われてしまう！ポケモンハンターの悪企みを叩きつぶし、ピカチュウを取り戻すためサトシたちは、同じようにニャースを奪われたロケット団と手を組むことにするが…。

ハクタイジム向かう途中、コトブキシティを再び訪れたサトシたちは、テレビコトブキの街頭インタビューを受ける。レポーターから「ビーボタン同盟」という、ポケモンを進化させずに育てて、その強さや美しさをみがくサークルの存在を教わり、興味津々のサトシ。サークルのリーダーが持つという“最強のコイキング”と“最も美しいヒンバス”を見せてもらうため、一行は「ビーボタン同盟」のあるビルに向かうが、そこに「シーボタン同盟」を名乗る別の集団が現れて…。

旅を続けるサトシ一行は、通りがかった村のお祭りでポケモンコンテストが開かれる事を知って立ち寄ろうとする。ヒカリはゲットして間もないパチリスでぜひ挑戦しようと張り切っていた。ところが道中、遊んでいたエイパムが崖から落ちてしまった！絶体絶命のピンチからエイパムを救ったのは、なんとロット団のムサシだった！エイパムの命を救ったムサシは、お礼替わりにサトシに無理な要求をする、その要求とは…何と、村のポケモンコンテストに参加するためエイパムを一時的に貸し出せというものだった！

サトシたち一行は静かな森の中で、一匹の傷ついたビッパに出会う。このビッパ、どうやら仲間とはぐれたらしく、かわいそうに思ったサトシたちは近くの滝に送り届けてあげようとするが、そこに突然ロケット団が現れた！しかし、いつもと様子がちがう。なんと、その後に続いて姿を現したのは、激しく怒りまくるハガネールであった！巨体をうねらせながら辺りをかまわず攻撃してくるハガネール！サトシたちはロケット団とともにあわてて逃げ出すが・・・。

サトシとヒカリが野原でポケモンバトルの練習をしていると、目の前に突然現れた女性から、そのピカチュウを貸して欲しいと頼まれてしまう。話を聞けば、彼女はお婆さんとケーキショップを開いていたが、ケーキ作りの手伝いをしていたシュガーという名前のピカチュウが急にいなくなってしまい、３日後に行われるお菓子コンクールに出場できず、困っているのだという。サトシのピカチュウはシュガーのふりをして、お婆さんのケーキ作りに協力する事にするが、果たして無事にお菓子コンクールの日をむかえることができるのだろうか？

ポケモンコンテスト・ソノオ大会の第一次審査を思わぬアクシデントでスタートしたヒカリとパチリス。機転をきかせてなんとか演技を終了したが、他の参加者もなかなか手強く、審査通過は難関のようだ。そんな中、ついにヒカリの幼なじみ、ケンゴの演技がスタートした。ケンゴがくり出したポケモンは“ねんりきポケモン”のフーディン。ケンゴはフーディンとの見事なコンビーネーションと演技で、観客をひきつけていく。果たしてヒカリは一次審査に勝ち残り、次のステップに進むことができるのだろうか？

“恐ろしくあまいミツ”発見の重要な手がかりをつかんだサトシ一行とモミは、ザロクの花に集まるミツハニーを追って、森の奥深くまで入り込んで行く。ミツハニーの行く手にあった大きな滝、その裏側にはなんと洞窟の入口が隠されていた！闇の中、ピカチュウの鼻を頼りにかすかな甘い匂いをたどりながら進むサトシたち。洞窟の奥深くで彼らを待ち受けていた驚くべきものとは！？サトシたちは無事に目的をはたし、洞窟から脱出できるのか！？

サトシたちはハクタイシティへと向かう旅の途中、バトルの特訓で疲れたポケモン達を休ませるため、峠のポケモンセンターに立ち寄った。待合室のテレビでは、ちょうどポケモンバトルの映像が流れ、そこでは四天王のゴヨウが見事なポケモンバトルを展開していた。サトシもヒカリも、展開されるバトルの凄さに引き込まれ、テレビに見入っていたが、ふと隣から聞こえた声の方を向くと、何とそこにはゴヨウ本人が！サトシは早速バトルを申し込むが、ゴヨウからの返事は意外なものだった。

次なる目的地、ヨスガシティに向かうサトシたちは、自転車に乗ってサイクリングロードを走っていた。空模様があやしくなってきたので、一行はサイクリングロードの近くにあるポケモンセンターに向かおうとするが、同じタイミングで、タケシが持っていたタマゴからポケモンが生まれそうな気配が。急いで、ポケモンセンターに駆け込んだところ、サトシたちの目に飛び込んできたのは、すっかりさびれたポケモンセンターと、自信を失って落ち込んでいるジョーイさんの姿であった。タケシはそんなジョーイさんに、タマゴを託そうとするが…。

旅の途中、森の中で突然サトシたちの目の前に現れたムウマとニャルマー。どことなく見覚えのある、このポケモンたちに導かれて一行が進んだ先には、なんと足をケガしたノゾミの姿が。応急処置をし、近くのノゾミのキャンプまで移動するサトシたち。ヒカリはそこで、ノゾミから次回のポケモンコンテスト・ヨスガ大会は一次審査、二次審査共にポケモンを２体ずつ使ったダブルパフォーマンスで挑戦しなければならないと聞く。未経験のダブルパフォーマンスに不安を感じるヒカリに、ノゾミは一緒に練習しようと持ちかけるが…。

ヨスガシティを目指し旅を続けるサトシたちは、広い野原で度重なる雷に遭遇した。大慌てで逃げまどうサトシたちが目にしたのは、“いなずまポケモン”ラクライの姿。雷はラクライの仕業だったのだ。そこに現れたのは、ユースケと名乗る青年。彼は、ポケモンの訓練士で、ラクライが発する雷を制御できるように訓練していた所だったが、なかなか言うことを聞いてくれないのだという。その様子を見たタケシは、ラクライを世話したいと申し出る。果たして、プロもてこずるこのラクライの訓練。タケシは成功できるのだろうか？

旅の道中、道に迷ったまま夜を迎えたサトシたち一行は、雨に降られて近くの朽ち果てた門の下に駆け込んだ。すると、おかしな事に門の向こう側は全く雨が降っていない。サトシたちは謎めいた門の先へと進むが、そこに待っていたのは、タケシの事が大好きなジョーイさんとジュンサーさんや、突然現れた巨大なコロシアムでのグラードンとレックウザのバトルなどなど、とても不思議な光景ばかり。そのうえ、サトシとヒカリは世界一のトレーナーとコーディネーターの決定戦に招待されて…って、そんな夢みたいな話、本当にあるの？

ついにヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、ポケモン吟遊詩人のナオシと久々に再会した。どうやら、ナオシも“こおろぎポケモン”のコロトックと共にコンテストに出場するらしい。さらに、コンテスト会場正面の広場は、ダブルパフォーマンスに向けて練習をしているコーディネーターたちで賑わう。そこには、ニャルマーとカラナクシで優勝を狙うノゾミの姿も。今回のヨスガ大会は、ポケモン二体使ってのダブルパフォーマンス！そしてダブルバトル！強敵ぞろいの大会で、ヒカリは、2つ目のリボンをゲットすることができるのか！？

ようやくヨスガシティにたどり着いたサトシたち。ところが、ヨスガジムのジムリーダーは旅に出ていて留守のため、ジム戦はお預け。その代わりに、ヨスガシティの名物タッグバトル大会にエントリーすることに。大会は、3日間に渡って繰り広げられ、その場に集まったポケモントレーナーとエントリー時にもらったカードを元にタッグを組み、優勝を目指すというもので、まるでポケモンリーグのような盛り上がり！ヒカリは、勝てるポケモンバトル方程式を持つというコウヘイと、タケシは、キャモメをつれた素敵なおねえさんのホノカとパートナーを組むことに。そして、サトシのパートナーに選ばれたのは、なんとライバルのシンジだった！

二回戦にもヒコザルを投入し、なんとか準決勝に進出したサトシとシンジだったが、ヒコザルのバトルに納得できず、ついにシンジはヒコザルを逃がすことに。それを見ていたサトシは一緒に旅をして強くなろうと声をかけ、ヒコザルをゲットする。タッグバトル大会ではヒカリ、コウヘイのタッグが、早くも３回戦に勝利し、ファイナル進出が決定。また、タケシ、ホノカＶＳサトシ、シンジの３回戦では、シンジの一方的なバトルで勝利する。タッグとしてまったくかみ合わないサトシ、シンジのタッグはついに、ファイナルでコンビネーションが抜群のヒカリ、コウヘイのタッグと対戦！果たしてファイナルを制するのはどっちのタッグか？そして、ファイナルでサトシが選ぶポケモンとは？

次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？