Hanna revient aux Meadows avec l'image d'une stagiaire fidèle à Utrax grâce au soutien de Carmichael que Marissa a réussi à rallier à leur cause. Alors que les stagiaires se préparent pour leur première mission, Marissa se rapproche de l'analyste de la CIA qui a établi la liste des cibles et lui soutire des informations. A Paris, Hanna rencontre Abbas, sa cible, un activiste charismatique.

Incapable d'oublier Abbas, Hanna rompt le protocole et lui rend visite. Marissa est effondrée lorsqu'elle reconnaît le numéro Un d'Utrax. Mais Hanna et Marissa vont commettre une petite erreur qui va éveiller les soupçons en voulant éviter le prochain assassinat . Hanna intercepte l'agent d'Utrax envoyé pour enquêter, mais Carmichael est démasqué et Hanna et Marissa tombent dans une embuscade.

Leur plan étant compromis, Hanna et Marissa veulent se rendre à Vienne, siège supposé des Pionniers et du programme d'élimination. Mais Hanna décide d'aller d'abord retrouver Abbas, laissant Marissa se rendre seule à Vienne. Les deux ignorent qu'on leur a tendu un piège chacune de leur côté.

Hanna et Marissa s'introduisent dans le quartier général des Pionniers et découvrent l'effrayante vérité qui se cache derrière la liste d'assassinat et la façon dont elle est établie. Marissa affronte Evans, laissant Hanna s'échapper avec les preuves permettant d'anéantir le programme.

Hanna et Marissa n'ont plus beaucoup d'espoir. Hanna a été faite prisonnière par Evans pendant que Marissa découvre que la preuve qu'elle a trouvée contre les Pionniers est inexploitable. Hanna tente de s'enfuir et découvre la faille qui peut abattre le système, mais la torture psychologique qu'a pratiqué Evans sur elle l'empêche de s'en servir.

Hanna et Marissa retournent au siège des Pionniers en tant que prisonnières mais avec pour mission de trouver les preuves dont elles ont besoin pour anéantir le programme. Lorsqu'elles réalisent qu'Abbas et sa fille sont en danger, elles se précipitent pour les sauver. Dans les forêts de Vienne, Hanna doit aider Abbas tandis que Marissa affronte Evans une dernière fois.