Hanna vuelve a los Meadows encubierta como recluta leal a Utrax, gracias a John Carmichael, líder del programa de reclutas que fue coaccionado por Marissa. Mientras las reclutas se preparan para sus misiones, Marissa contacta a un analista de la CIA en Viena, que está en la lista de objetivos, y lo usa como informante. En París, Hanna conoce a su objetivo, Abbas; un carismático joven activista.

Hanna es inapaz de olvidar a Abbas, por eso, rompe el protocolo y lo visita en su refugio. El mundo de Marissa se viene abajo cuando reconoce al Presidente de la foto de Hanna. Mientras ambas planean sabotear el próximo asesinato, un error levanta sospechas. Hanna detiene al agente de Utrax enviado a investigar, pero Carmichael es expuesto como traidor y Hanna y Marissa son emboscadas.

Hanna y Marissa se mueven rápidamente ahora que están expuestas. Planean dirigirse a Viena, pues creen que es la sede de Pioneer y el hogar del programa de asesinatos, pero Hanna primero va en busca de Abbas. Marissa continúa hacia Viena. Ninguna sabe que se dirigen a una trampa.

Hanna y Marissa irrumpen en la sede de Pioneer y descubren la aterradora verdad detrás de la lista de asesinatos y cómo está hecha. Mientras está adentro, Marissa se enfrenta a Evans (alias "El Presidente"), y deja que Hanna escape con la evidencia para derribar el programa.

Hanna y Marissa casi pierden. Evans mantiene cautiva a Hanna mientras la evidencia que Marissa tiene para derribar el programa resulta estar encriptada e inutilizable. Cuando Hanna intenta escapar, encuentra lo que podría ser la clave para derribar Pioneer, pero el brutal interrogatorio de Evans podría quebrar a Hanna antes de que pueda usarla.

Hanna y Marissa regresan a la sede de Pioneer como prisioneras, pero con la misión de desbloquear las pruebas que necesitan para derrotar el programa. Cuando se dan cuenta de que Abbas y su hija están en peligro, corren a rescatarlos. En los bosques de las afueras de Viena, Hanna debe salvar a Abbas mientras Marissa se enfrenta a Evans por última vez.