15 anni dopo aver salvato la piccola Hanna da una struttura segreta rumena, Erik Heller vive con lei in una foresta polacca. Grazie a Erik, ora Hanna è una cacciatrice e una killer temibile. Ma lei vuole lasciare quel mondo isolato e inizia ad allontanarsi da casa. Questo attira l'attenzione dell'agente della CIA Marissa Wiegler, che la cerca dalla nascita.

Catturata dagli uomini di Marissa, Hanna lotta per fuggire dalla struttura CIA in Marocco e raggiungere Erik a Berlino. Lungo il tragitto, conosce Sophie, una ragazza britannica in vacanza con la famiglia, e con lei ha il primo vero assaggio del mondo reale e delle emozioni dell’adolescenza. Ma nonostante questa illusione di normalità, la minaccia di Marissa e dei suoi agenti non è mai lontana.

Hanna ed Erik si riuniscono a Berlino dove si nascondono con i vecchi amici dell'esercito di Erik. Qui la ragazza viene a conoscenza del passato di suo padre. Dopo aver vissuto la vita di una normale famiglia con Sophie, Hanna fa fatica ad adattarsi alle restrizioni che Erik le impone. Intuendo che Marissa è sempre più vicina, Erik e i suoi amici si preparano al contrattacco.

Erik tiene Marissa prigioniera, cercando di negoziare un accordo per lasciare Berlino con Hanna in tutta sicurezza. Intanto Hanna si nasconde a casa di Dieter e la sua famiglia. Ansiosa di conoscere le intenzioni di suo padre, Hanna scopre un grande segreto del proprio passato. Mentre comincia a delinearsi un piano di fuga, anche Marissa elabora il suo.

Ancora sconvolta per le rivelazioni su Erik, Hanna si nasconde nella periferia di Londra da Sophie, che tiene nascosta l'amica ai suoi genitori. Sophie convince Hanna ad andare a una festa di compagni di scuola dove Hanna vive l'eperienza di una prima cotta adolescenziale. Nel frattempo, gli amici di Erik tentano disperatamente di salvarlo dalle gravi ferite riportate per fuggire alla cattura.

I rapporti tra Sophie e Hanna cominciano a deteriorarsi per il comune interesse per Anton. Subito dopo questa lite, Marissa si presenta a casa di Sophie fingendosi la madre di Hanna. La ragazza deve scegliere se mettere in pericolo Sophie e la sua famiglia, o rinunciare alla propria libertà e seguire Marissa. Intanto Erik, catturato, viene brutalmente interrogato da Sawyer e i suoi uomini.

Rendendosi conto che Hanna non è disposta ad accettare altro se non la completa verità, Erik la riporta in Romania, affinché conosca il suo passato. Nel frattempo, Marissa comincia a capire che Sawyer non le ha detto tutta la verità sulla Utrax.

Quando scopre da Erik la verità sulla Utrax, Hanna è determinata ad agire. Nel frattempo, Marissa cerca di scoprire da Sawyer cosa sta succedendo davvero nella struttura.