Mari menerbangkan Unit Provisional-05 untuk mengalahkan Malaikat Ketiga yang digali. Asuka Langley-Shikinami dan EVA-02 mengalahkan Malaikat Ketujuh. Malaikat Kedelapan muncul dan menyerang NERV HQ. EVA-03 direbut Malaikat Kesembilan saat diuji. Shinji mencoba mencegahnya, tapi mengetahui Asuka di dalamnya. Gendoh mengubah kendali EVA-01 menjadi Sistem Palsu dan melawan EVA-03…