Tokio, 2120. Un enorme drone de transporte choca, y los nuevo inpectores de la Unidad Uno Arata Shindo y Kei Mikhail Ignatov lo investigan. Descubren que el contador Rick Fellows de la Compañía de Transportes Hyper, Arata hace un Rastreo Mental para encontrarlo pero lo encuentra muerto en el agua. Arata y Kei sospechan que el choque fue planeado y buscan al actor intelectual de la muerte de Rick.

La Unidad Uno persigue al sospechoso de la caída, Takumi Yonehara, ejecutivo de Transportes Hyper, hasta una zona abandonada; pero lo encuentra muerto. Arata y Kei ignoran órdenes de la jefa Shimotsuki y van tras el autor intelectual, Sasagawa, al Aeropuerto de Ariake, ahí dos hombres se interponen en su camino: Shinya Kogami y Nobuchika Ginoza del Ministerio de Relaciones Exteriores.

Luego de reunirse con Karina Komiya, Arata percibe algo extraño sobre ella, pero no puede encontrar ninguna pista sobre el caso. Entonces, Lee Aki, el secretario de su oponente, Kosuke “Hércules” Yakushiji, es asesinado. La Unidad Uno decide dividirse para investigar a los atacantes y a sus víctimas.

Yayoi Kunizuka, periodista independiente, se incorpora a la Unidad Uno como asesora en la investigación para sustituir a Kei que está suspendido. Conforme avanza la investigación, la Unidad Uno descubre el gran secreto de Karina Komiya y al suponer que será la siguiente víctima de un ataque, se dirige al debate gubernamental celebrado en el estadio Giga.

Se crea una Zona Religiosa Especial para que los inmigrantes puedan profesar la religión libremente. Un evento de prensa reúne a los líderes religiosos en Ciudad Nueva Mitake, donde se ubica la zona especial. Un hombre con explosivos implantados en el estómago convierte el lugar en el blanco de un ataque terrorista. La Unidad Uno comienza a investigar la asociación Anti Zona Especial.

Luego de que un tercer atentado suicida en Ciudad Nueva en el que muere Joseph Auma, Arata y los demás se enteran de que quedan otras tres bombas humanas. Mientras tanto, Kei y Kisaragi están de infiltrados en Salto al Cielo en búsqueda de pistas sobre los ataques suicidas. Obtienen la evidencia que buscaban, pero los descubren y son capturados.

Mediante un rastreo mental, Arata descubre que Kurisu, supuestamente muerto, está vivo, y pone al descubierto la verdad oculta tras los ataques terroristas. Mientras tanto, Shimotsuki ordena allanar Salto al Cielo y envía a la Unidad Dos para que localice a Kei. Torri, acorralado, toma a Maiko como rehén y confronta a Kei, pero Maiko aprovecha un descuido de Torri y lo asesina.

La Unidad Uno comienza a entender la verdad detrás de los incidentes que se presentaron uno tras otro como fichas de dominó cayendo y se une a SAD para continuar con la investigación. Arata vigila a la gobernadora que corre el riesgo de convertirse un blanco de nuevo mientras Kei planea un ataque usando a Kisaragi como carnada, pero cuando llega al lugar acordado, Shizuka Homura lo está esperando.