Hanna vender tilbake til Engene med dekket som Utrax-praktikant intakt takket være John Carmichael, som leder praktikantprogrammet, men tvinges til å hjelpe av Marissa. Praktikantene forbereder seg på sine første oppdrag. Marissa kontakter en CIA-analytiker i Wien som står på mållista, og bruker ham til å få informasjon. I Paris treffer Hanna sitt mål Abbas, en karismatisk ung aktivist.

Hanna klarer ikke å glemme Abbas og drar for å besøke ham på skjulestedet. Mens Marissas verden blir knust når hun kjenner igjen Formannen fra Hannas fotografi. Hanna og Marissa planlegger å sabotere den neste likvideringen, men en liten feil vekker mistanke. Hanna tar seg av Utrax-agenten sendt for å etterforske, men Carmichael blir avslørt, slik at Hanna og Marissa blir angrepet.

Hanna og Marissa skynder seg nå som de har blitt avslørt. De planlegger å dra til Wien, i den tro at det er Pioners hovedkvarter og likvideringsprogrammets hjem, men Hanna drar først for å lete etter Abbas. Marissa fortsetter til Wien. Ingen av dem vet at de er på vei inn i en felle.

Hanna og Marissa bryter seg inn i Pioners hovedkvarter, og oppdager den skremmende sannheten bak likvideringslista og hvordan den lages. Der inne konfronterer Marissa Evans (alias Formannen), mens Hanna tar med seg bevismaterialer for å felle programmet.

Hanna og Marissa har nesten tapt. Hanna holdes fanget av Evans mens bevismaterialet Marissa har for å felle programmet, viser seg å være kryptert og ubrukelig. Når Hanna prøver å flykte, finner hun det som kan være nøkkelen til å felle Pioner, men Evans' brutale forhør kan knekke Hanna før hun kan bruke det.

Hanna og Marissa vender tilbake til Pioners hovedkvarter som fanger, men med den hensikt å åpne beviset de trenger for å felle programmet. Når de innser at Abbas og dattera er i fare, skynder de seg av gårde for å redde dem. I skogen utenfor Wien må Hanna redde Abbas mens Marissa konfronterer Evans en siste gang.