Luego de desafiar las órdenes de su jefe Christina Hart (Jennifer Beals) para cobrar venganza con el hombre que mató a su hermana, la premiere de la segunda temporada muestra a Bryan Mills (Clive Standen) luchando por su vida dentro de una prisión clandestina en México.

Cuando el avión en que viajan Bryan Mills (Clive Standen) y el testigo clave en una investigación de homicidio (actor invitado Alexander Draper) se estrella, Mills debe acudir a todas las habilidades de supervivencia que su padre le enseñó a fin de sobreponerse a los elementos.

Un trabajador despedido secuestra a un contador de alto rango en venganza por una jubilación perdida; y el equipo se ve inmiscuido en un caso de lucha de clases cuando Bryan (Clive Standen) decide ayudar al secuestrador a hacer justicia.

Cuando alguien roba el «maletín nuclear» presidencial, Bryan (Clive Standen) y el equipo deben recuperarlo antes de que las medidas confidenciales de seguridad nacional caigan en manos peligrosas.

Santana (Jessica Camacho) se ve obligada a afrontar su pasado cuando es secuestrado un diplomático extranjero relacionado con el tráfico sexual.

Cuando secuestran a la esposa (actriz invitada Amy Rutberg) de un senador héroe de guerra (actor invitado Sebastian Spence), Bryan (Clive Standen) y su equipo deben determinar si su desaparición fue orquestada por un gobierno extranjero o por alguien no tan lejos de casa.

Bryan (Clive Standen) y Santana (Jessica Camacho) deben sacar a un físico nuclear, a quien todo mundo da por muerto, de un complejo penitenciario en Corea del Norte.

Hart (Jennifer Beals) acepta la misión de dar con el paradero del mentor que la engañó, y el equipo trata de localizarla antes de que sea demasiado tarde.

Hart (Jennifer Beals) tiene que encontrar la manera de impedir que un ex periodista exiliado filtre por todas partes los nombres de activos públicos antes de que muera gente inocente.

Bryan (Clive Standen) tiene que parar una acción de terrorismo biológico tras ser robadas especies invasoras del Banco de Semillas Mundial en Noruega.

Cuando una bomba explota en Washington D.C., el equipo sospecha que un hombre inocente está siendo incriminado.

Cuando un peligroso traficante de armas pasa su mercancía de contrabando a la ciudad de Nueva York, Bryan (Clive Standen) hace equipo con el FBI para intentar detenerlo pronto, antes de que alcance la protección de las aguas internacionales.

Cuando el hijo de un analista de la CIA es secuestrado, el equipo recibe ayuda de una fuente dudosa: otra víctima de secuestro. Mientras tanto, Hart (Jennifer Beals) descubre el siniestro motivo de los secuestros.

Bryan (Clive Standen) debe proteger a su primo cuando este se torna el blanco de un poderoso grupo criminal.

La hija de un funcionario de gobierno que trabaja en el extranjero es capturada y un inesperado sospechoso malogra la operación de rescate de Bryan.

Estando Hart (Jennifer Beals) en grave peligro, el equipo tiene que encontrar la manera de detener a Ramsey (Tahmoh Penikett) antes de que su plan de asesinar a un senador desencadene una guerra con terroristas internacionales.