Dopo tre anni torna sullo schermo il topolino Stuart Little, protagonista di una favola per i più piccoli che è anche (come il film precedente) un miracolo di animazione digitale. Stuart ormai si è integrato nella sua nuova vita, ma si sente solo e vorrebbe la compagnia dei suoi simili. Quindi è felice quando incontra una simpatica uccellina Margalo, bisognosa di aiuto e accolta...
