XVIe siècle. Le célèbre peintre et inventeur Leonardo da Vinci se fait arrêter à Florence. Suspecté de détenir des informations sur la mystérieuse disparition de Caterina da Cremona, il va être emprisonné et interrogé longuement sur sa relation avec celle qui fut plus que sa muse. L'occasion pour lui de revenir sur les moments les plus importants de sa vie et de sa carrière.