İlk sezon yaşananlardan sonra Mason, Nadia ve Bernard Avrupa'da saklanırlar. Mason kimlik sorunlarıyla mücadele ederken, Nadia kızıyla Aparna'dan kaçmaktadır. Bernard, eski CIA ajanı Hutch'la Paulo Braga'nın peşine düşer. Nadia'nın Frank Sharpe'la karşılaşması ise büyük bir sırrı açığa çıkarır.

Mason, Manticore suikastçılarıyla mücadele ederken Abby'nin kaçışı ölümcül olayları tetikler. Paulo ve Joana, Mason'ın peşindeyken silahlarını geliştirirler. Bernard ve Hutch ise ekibi toplamaya çalışır. Nadia'yla çatışmanın ardından Mason, eski bir düşmana gider ve Bernard'ın karanlık sırrını keşfeder.

Paulo'nun planı hız kazanırken, Mason ve Nadia zorunlu bir ittifak kurar. Bernard, Hutch, Celine ve Frank Sharpe ile birlikte küresel bir felaketi durdurmanın anahtarı olan gizemli bilgisayar korsanının kimliğini ortaya çıkarmak için riskli bir operasyon düzenlerler.

Edison'ın gerçek kimliğini ortaya çıkardıktan sonra ekip, hedefin ortaya çıkmasının beklendiği yüksek profilli bir galaya yönelir. Ancak Mason ve Nadia arasındaki gerilim tırmanırken ve düşmanlar yaklaşırken, ani bir karar tüm operasyonu tehlikeye atar.

Mason ve Dahlia, Abby'nin serbest bırakılması için yüksek riskli bir esir takası ayarlarlar. Ancak Mason'ın kontrolünü kaybetmesi planı tehlikeye atarken, iki taraf da takası gerçekleştirmek için zamana karşı yarışır. Abby'nin açıkladığı sarsıcı gerçek ise her şeyi değiştirir.

Joana, G8 Zirvesi'nde Rusya Başkanı'na suikast planını hızlandırırken Mason ve Nadia, Abby'yi İskoçya'daki bir güvenli eve götürür. Ancak Abby'ye yapılanlara dair korkunç gerçek ortaya çıkınca, yıkıcı bir olaylar zinciri başlar.

Citadel ajanları, Joana'nın G8 Zirvesi'nde Başkan Aronov'a düzenleyeceği suikastı ve Rus uydularının kontrolünü ele geçirme planını engellemek için zamana karşı yarışırlar. Ekip, tehlikeli bir sızma operasyonu yürütürken son karşılaşmada imkânsız ve ölümcül seçimlerle yüzleşir.