Rawatan yang dicadangkan Shaun untuk seorang pesakit gelandangan membuat Andrews marah dengan dia dan Jared. Claire cuba mengatasi keraguan Melendez untuk melakukan pembedahan jantung yang berisiko. Glassman perlu membuat keputusan tentang kesihatannya.

Seraya Shaun melawan Melendez agar dapat merawat penjaga bangunan yang sakit tenat, Lim menghadapi risiko disaman kerana dia cuba merawat sunat seorang gadis. Glassman memilih doktor untuk melakukan pembedahan otaknya.

Semasa berbincang dengan Andrews tentang jadual doktor pelatih yang amat sibuk, Claire dan Melendez merawat seorang pesakit yang ada masalah kesuburan. Shaun berjanji untuk berada di sisi Glassman seraya dia sembuh daripada pembedahan otak.

Shaun mengingat kembali masa silamnya untuk membantu remaja yang ada masalah intelek untuk menangani perpisahan daripada ibunya. Seraya Claire membantu seorang pendaki muda yang tercedera dan ibu bapanya, khayalan yang dialami Glassman selepas pembedahan memaksanya untuk menangani tragedi peribadi.

Seorang pesakit meminta Shaun dan Park untuk merahsiakan pembedahan pengurangan berat badan daripada suaminya. Claire dan Melendez tidak bersetuju tentang cara merawat seorang wanita anoreksik yang memerlukan pembedahan jantung.

Shaun dan Morgan tidak bersetuju tentang jangkitan pada jari seorang pemain violin profesional. Claire berkawan dengan seorang pesakit remaja yang ibu bapanya percaya bahawa dia berasa tertekan kerana perceraiannya.

Claire berusaha untuk mengurangkan kesakitan yang dirasai oleh rakan kolejnya yang akan mati. Situasi itu bertambah rumit dengan satu permintaan yang mengejut. Shaun dan Morgan berunding tentang syarat pemindahan organ antara dua orang adik-beradik yang degil.

Pesakit wad kecemasan Dr. Shaun Murphy, Dr. Audrey Lim dan Dr. Claire Brown terpaksa mendedahkan rahsianya kepada suaminya selepas rawatan bermasalah. Sementara itu, Dr. Neil Melendez, Dr. Morgan Reznick dan Dr. Alex Park perlu menangani seorang pesakit yang ibu bapanya tidak percaya akan vaksin.

Dr. Neil Melendez, Dr. Morgan Reznick dan Dr. Claire Brown bergelut dengan permintaan seorang pesakit untuk melakukan pembedahan yang akan menghalangnya daripada bertindak mengikut keinginan fidofilia; dan Dr. Shaun Murphy belajar tentang empati.

Dr. Shaun Murphy dan Dr. Alex Park merawat dua pesakit yang pengsan di lapangan terbang dan mempunyai simpton penyakit bawaan udara. Kakitangan berusaha untuk mengawal jangkitan itu supaya tidak merebak kepada pesakit lain di wad kecemasan. Hal ini menyebabkan kuarantin semasa musim cuti.

Dalam espiod pertengahan musim ini, hospital masih dikuarantin. Dr. Shaun Murphy tidak tahan dengan kekecohan dan bunyi bising di wad kecemasan; Dr. Morgan Reznick berusaha untuk menstabilkan pesakitnya dan Dr. Audrey Lim berjuang untuk hidupnya. Sementara itu, Dr. Neil Melendez dan Dr. Claire Browne perlu mencari jalan untuk menyempurnakan pemindahan tulang sumsum pesakit mereka

Selepas kuarantin tamat, kakitangan Hospital San Jose St. Bonaventure cuba kembali kepada rutin biasa seraya Jabatan Kesihatan Awan mengkaji apa yang berlaku untuk memulihkan keyakinan orang awam. Sementara itu, Dr. Audrey Lim sembuh. Dia dan Dr. Neil Melendez menangani hubungan peribadi dan kerja yang baharu. Dr. Shaun Murphy dan Dr. Aaron Glassman bersantai dan melawat Lea di tempat kerjanya.

Semasa merawat pesakit bedah yang menghidap ASD, Shaun dan Morgan tertarik dengan “hubungannya” dengan rakan sebiliknya. Melendez, Claire dan Park berusaha untuk menyelamatkan seorang wanita yang ada jantung mekanikal. Mereka memerlukan kepakaran kejuruteraan dan perubatan untuk melakukannya.

Dr. Andrews cuba meyakinkan sebuah keluarga yang berkabung untuk menderma muka anak mereka kepada seorang gadis yang mukanya dihancurkan kerana kemalangan.

Shaun terlalu berterus terang dengan seorang ibu yang mempunyai anak baru lahir yang sakit. Hal ini menyebabkan ketua baharu Pembedahan meragui keputusan untuk terus membenarkannya bekerja sebagai doktor pelatih.

Ketua baharu Pembedahan, Dr. Jackson Han, percaya bahawa Dr. Shaun Murphy ialah liabiliti dan bukannya aset. Dia berusaha untuk halang Shaun daripada memasuki bilik pembedahan.

Dr. Shaun Murphy sangat ingin menyertai pasukan yang akan melakukan pembedahan berisiko untuk menyingkirkan tumor seorang pesakit, tetapi Dr. Jackson Han telah mengeluarkannya daripada pasukan pembedahan. Shaun harus menggunakan bakatnya untuk menentukan punca kecederaan seorang bayi.

Setelah bertumbuk dengan orang di bar, Shaun mendapatkan rawatan di St. Bonaventure. Park dan Lim tidak bersetuju tentang simptom seorang wanita tua yang telah dibedah. Melendez dan Lim mengumumkan hubungan mereka, sementara Glassman terus memupuk hubungan dengan seorang kawan baik.