Det idylliske Pepperland blir angrepet av Blå slemminger, en musikkforaktende gjeng som plyndrer det musikk- og fargeglade landet. Men Yellow Submarines kaptein, gamle Fred, drar til Liverpool for å verve John, Paul, George og Ringo. Sammen bringer de musikk, glede og latter tilbake til Pepperland. Filmen er fylt av surrealistisk humor, Liverpoolsk intelligens og Beatles' klassiske sanger.
