Hitomi est une jeune lycéenne, passionnée par les tarots. Lors d’un entraînement sportif, elle aura la vision d’une tour en ruines et de géants d’acier au combat. Quelques jours plus tard, un homme étrange apparaît sur le campus, poursuivi par un dragon...

Van Fanel et Hitomi rejoignent le royaume de Fanélia, dont Van est destiné à devenir roi. Durant les préparatifs de la cérémonie, Fanélia est attaquée par des assaillants mystérieux, protégés par des capes mimétiques. La ville de Van est mise à feu et à sang, et nos amis sont contraints à la fuite, ils emportent avec eux le puissant Escaflowne, protecteur de Fanélia.

Alors qu’ils ont été séparés, Van et Hitomi errent dans la forÍt aux confins avec le royaume d’Astria, une puissante nation voisine de Fanélia. Hitomi fera la connaissance d’un noble guerrier d’Astria, le blond Allen Schezar, chevalier céleste et capitaine des croisés. Elle lui fera le récit de la destruction de Fanélia. Allen, intrigué, offrira la protection d’Astria aux fugitifs...

Alors que Merle et Hitomi se remettent de leurs blessures, les soldats d’Astria s’interrogent quant à la véracité des faits rapportés par Van et Merle. Ils sont attaqués à l’improviste par l’escadron de Dilandau, venu capturer l’Escaflowne. Van transformera Escaflowne en dragon volant, et permettra aux croisés d’Allen de s’enfuir en créant une diversion.

Van et Escaflowne sont capturés, et menés devant Folken, commandant les opérations de Zaibacher. Celui-ci semble bien connaître l’Escaflowne et son pilote, désormais prisonniers. Alors que le vaisseau forteresse de Zaibacher se prépare à regagner sa base, les croisés guidés par Allen font une incursion surprise et libèrent Van. La troupe se dirige alors vers Astria, où elle espère trouver refuge.

Arrivés à Pallas, nos amis découvrent que l’Empire Zaibacher y exerce déjà une forte influence, et que le Roi semble avoir d’autres plans pour exploiter la puissance d’Escaflowne. Ils feront la connaissance de la princesse Mirana, amoureuse d’Allen, mais séparée de celui-ci par l’amour qui le lie à la défunte sœur de Mirana. Durant leur visite, le Roi organisera un tournoi.

Après avoir vaincu ses adversaires, Van et Hitomi sont confinés dans le palais royal, attendant le bon vouloir du Roi Aston. Durant ce temps, Hitomi est enlevée par des hommes lézard, sur ordre d’un riche marchand. Alerté par Merle, Van partira à son secours à bord d’Escaflowne, et mettra rapidement la main sur les malfrats. Alors qu’il se prépare à l’attaque, il est surpris par Dilandau.

S’étant enfuis de Pallas, Van Hitomi et Merle se dirigent vers un cimetière de Dragons, où Van espère bloquer la récolte d’Energists, des pierres énergétiques nécessaires au fonctionnement des Guymelefs. Les troupes de Zaibacher veillent au grain, et Van est rapidement capturé. Gr‚ce à une diversion opérée par Merle, nos amis parviennent à s’enfuir aprËs avoir mis leur plan en œuvre.

Van et Hitomi sont poursuivis par l’escadron de Dilandau, jusque dans une forêt aux limites du royaume de Fleid. Rattrapés par leurs poursuivants, Van et Hitomi sont pris au piège, tandis que Dilandau se prépare à porter un coup fatal, il est interrompu par l’arrivée imprévue d’Allen Schezar. Celui-ci, désobéissant aux ordres du Roi Aston, s’est lancé au secours de Van et Hitomi.

Allen, blessé durant l’affrontement avec Dilandau, a été transporté vers le pays de Fleid à bord d’un navire marchand d’Astria. A la grande surprise d’Hitomi et des croisés, la princesse Mirana se trouve sur le navire. Celle-ci, qui a également désobéi à son père, le roi Aston, a des connaissances de médecine, et parvient à sauver Allen. Le navire arrive alors au pays de Fleid.

Nos amis sont soupçonnés de trahison envers Astria, et malgré lui le prince Cid doit les soumettre à un interrogatoire mental. Celui-ci, opéré par un magicien de la cour, est en fait truqué: le véritable magicien a disparu, et est remplacé par un sorcier au service de Folken. Durant l’interrogatoire, il se rendra compte du pouvoir divinatoire d’Hitomi, mais il en sera également affecté.

Le sorcier de Zaibacher est démasqué, et dés son retour, le roi de Fleid décide d’entrer en guerre contre Zabacher aux côtés des croisés e de Van Fanel. Pendant les préparatifs, Hitomi découvre que Marléne, la soeur de la princesse Mirana, était l’épouse du Roi de Fleid, mais qu’une étrange ressemblance lie le price héritier à Allen Schezar. Mais les troupes de Zaibacher se rapprochent.

Les forces de Zaibacher, nombreuses, dominent rapidement le combat, dans lequel le Roi perdra héroïquement la vie. Le prince Cid, désormais responsable de l’avenir de son pays, cessera les hostilités et acceptera les conditions de Zaibacher. Mais tandis que Folken et les généraux s’accordent sur la paix, Van Hitomi et Allen embarquent avec les croisés. Leur fuite est contrecarrée par Dilandau.

Escaflowne revient sur le croisé, mais Van en sort grièvement blessé, alors même qu’il n’a subi aucune blessure directe. Tandis qu’il agonise, les croisés rencontrent Dryden Fassa, fils d’un richissime marchand d’Astria. Lui-même devenu très riche et savant, il explique au groupe que l’Escaflowne, comme tous les guymelefs conçus par Ispano, entretien avec son pilote un pacte de symbiose.

Escaflowne ne bouge plus. Hitomi tente de ramener Van et y parvient avec l'aide de Merle. Dans le Croisé, Mirana demande conseil à Hitomi car elle ne sait plus qui choisir entre Allen et Dryden, mais Merle intervient en demandant à Hitomi si elle préfère Allen ou Van : elle avoue, c'est Allen dont elle est amoureuse. Deux nouveaux agents des Zaïbachers arrivent pour capturer Escaflowne.

Dryden étudie les notes du père d’Allen, afin d’y découvrir la route du mystérieux royaume d’Atlantis. Pendant ce temps, Folken confie la mission de trouver Escaflowne à deux soeurs chat, Eria et Nariya. Celles-ci se lancent à la poursuite du navire de Dryden, qu’elles rattrapent juste au moment où Hitomi “ déclenche ” l’ouverture de l’entrée d’Atlantis!

Nos amis s’aventurent dans le royaume d’Atlantis, où tout est en ruines. Pourtant, Van, Hitomi et Allen sont rapidement confrontés à des visions du passé radieux d’Atlantis, dont l’histoire est partiellement dévoilée. Après avoir sauvé Van d’un sommeil étrange, Hitomi et les autres sont face à face avec les guymelefs des deux soeurs chat. Soudain, Escaflowne fait son apparition.

Van, Hitomi et Allen sont emportés par une colonne de lumière, au coeur même de l’empire Zaibacher, dans la citadelle de Dornkirk. Ici, ils apprennent que Dornkirk a entrepris de reconstruire la machine à manipuler le Destin qui a détruit Atlantis, et que Zaibacher a besoin du pouvoir d’Escaflowne pour mener cette opération à terme.

De retour en Astria, nos amis découvrent que Mirana a décidé d’épouser Dryden, malgré son amour pour Allen. Elle demande conseil aux tarots d’Hitomi, qui, dans un instant de jalousie, lui ment quant au succès de ce mariage prochain. Pendant ce temps, Folken a imaginé un nouveau stratagème pour éloigner Hitomi de Van: il organise une cérémonie de modification du Destin, aidé par Naria.

Hitomi tire les cartes a Mirana, et découvre qu’elle est destinée à devenir l’amante d’Allen si elle se marie avec Dryden, et que le malheur s’abattra sur Astria. Durant la cérémonie, elle se repent, et décide d’avertir les fiancés du danger qui les guette, mais il est trop tard: les troupes de Zaibacher font irruption, et Astria est rapidement mise à sac.

Le guymelef de Naria est endommagé, mais celle-ci parvient à s’échapper et à capturer Hitomi, avec laquelle elle discute. Pendant ce temps, fou de rage, Van part à la recherche d’Hitomi. Il finit par découvrir la forteresse de Folken, qu’il prend immédiatement d’assaut. Aprés avoir porté un coup fatal au vaisseau de Folken et aux deux guymelefs, Van abandonne le navire.

Van et Allen achèvent une réunion difficile, et durant la nuit suivante, Hitomi entend un loup hurler dans la nuit. Il s’agit d’un appel pour Van, en provenance de Folken. Celui-ci, par l’intermédiaire d’une tribu amie, convie Van à une entrevue dans les ruines de Fanélia. Van se précipite avec Escaflowne, ramassant Hitomi en chemin.

Folken a décidé d’abandonner les rangs de Zaibacher, et demande asile politique à Astria. Après leur avoir donné de mystérieuses garanties, il est finalement autorisé à rester. Cela lui permet de faire connaissance avec Hitomi, dont il pressent les pouvoirs. Celle-ci est bouleversée par Allen, qui lui a raconté que Cid de Fleid est en réalité son fils, et l’a également demandée en mariage.

Hitomi se retrouve à l’infirmerie, auprès d’Amano, quelques heures seulement après le début de son histoire. Celle-ci est difficile à expliquer, et Hitomi revit la dernière journée qui avait précédé son voyage sur Gaia. Pendant ce temps, tous se préparent à livrer le dernier combat contre Zaibacher et s’interrogent sur la mystérieuse disparition d’Hitomi.

Hitomi revient sur Gaia, en compagnie de Van. Ici, les premiers combats ont déjà eu lieu, et Zaibacher est en position de force. Hitomi apprend alors que Folken a construit une miniature de la machine à modifier le Destin, et qu’il se prépare à faire une incursion au coeur de la citadelle de Dornkirk, afin de le tuer et mettre un terme à la guerre.