A New York i membri del Clan del Piede aggrediscono i cittadini e compiono razzie. A combatterli intervengono quattro Tartarughe Ninja, divenute, in seguito al contatto con sostanze radioattive, gigantesche e umanoidi come il loro maestro, il saggio topo Splinter. Comincia così una sfida che porterà il Clan a rapire Splinter e le Tartarughe a mettere in pratica gli insegnamenti del loro maestro.
