Stargate Atlantis

Da Atlantis begynder at lukke ned på grund af et beskadiget strømsystem, slukker Rodney McKay for alle ikke-kritiske systemer. Men på bare 28 timer indser McKay, at byens skjolde kan svigte, og at indbyggerne vil bukke under for rummets vakuum.

Oberstløjtnant Sheppard leder et dristigt angreb for at sikre en ZPM, der vil redde Atlantis. Da replikatorerne opdager den fjendtlige indtrængen, må Sheppards hold holde dem væk eller afblæse missionen og opgive håbet om at redde Atlantis.

Ronon (Jason Momoa) mødes med en gruppe satedanere fra sin fortid, som beder Atlantis-holdet om hjælp på en farlig mission mod wraitherne. Men da Atlantis-holdet tages til fange, indser Ronon, hvor hans gamle venners loyalitet ligger nu.

Under en udforskende vandring på en jungleplanet rører Sheppard ved en glødende krystallinsk vækst og bliver vært for en smitsom energiform. Da de er ombord på Atlantis, flytter væsnet sig fra person til person og bringer hele besætningen i fare.

På vej tilbage til Atlantis bliver oberstløjtnant Sheppard taget til fange af et skib styret af en hensynsløs kaptajn med en hemmelig dagsorden. Mens holdet leder efter ham, må Sheppard være opfindsomhed for at holde sig i live.

Atlantis er ramt af en virus, der forårsager hukommelsestab, og McKay vågner op uden anelse om, hvem han er, eller hvad der sker. Efter instruktioner fra en video, han optog tidligere, befrier McKay sig selv og begiver sig ud for at løse mysteriet.

Da de ankommer til New Athos, opdager Teyla og dr. Keller, at kolonien er forladt, og at deres egne liv er i fare grundet den primitive krigerstamme Bola Kai. De to må undgå at blive fanget, indtil Atlantis sender et eftersøgningshold.

Der er stadig intet spor af athosianerne, så Teyla anmoder om et besøg hos en seer, Davos, som måske kan hjælpe hende med at finde sit folk. I mellemtiden kommer Agent Woolsey til Atlantis for at observere og evaluere oberst Carter.

Efter utallige timers arbejde med replikator-kodningen indrømmer dr. McKay modvilligt, at han har brug for hjælp fra sin søster, Jeanie. Men hun forsvinder, og McKay rejser til Jorden for at finde hende og afsløre, hvem der står bag kidnapningen.

Mens dr. McKay prøver at regne ud, hvorfor stargaten har været uanvendelig, styrter en mystisk sonde ned i byen. Et gennemsyn af sonden giver McKay et chokerende glimt af nanitkode, før hans diagnosticeringsprogram går ned, og alle data går tabt.

Atlantis-holdet, som kan spore replikator-skibe, forsøger at eliminere replikatorerne én gang for alle. Holdet haster afsted for at evakuere de menneskelige bosættelser, der står i vejen for de fremrykkende replikator-styrker.

Atlantis' sensorer registrerer signalet fra en subrumssporingsenhed, som dr. McKay kender. Holdet signalerer til et beskadiget kubeskib, der driver rundt i rummet. Iblandt skibets optegnelser finder de henvisninger til en hemmelig wraith-base.

Da en alarm lyder, frygter McKay, at en meget smitsom sygdom har udløst byens beskyttelsessystem. Kritiske systemer er berørte, og Atlantis-holdet er fanget i forskellige dele af byen uden mulighed for flugt.

For at bevare diplomatiske forbindelser indvilliger Sheppard og McKay i at ledsage Harmony, en ung, fremmelig prinsesse, under et obligatorisk overgangsritual. De ved dog ikke, at hun har fjender og karakterbrister, som mangler at blive håndteret.

Da oberstløjtnant John Sheppard får besked om, at hans far er død, vender han tilbage til Jorden. Men der involveres han i et farligt eksperiment, som går galt - en replikator i menneskeskikkelse er nu på fri fod og må fanges for enhver pris.

Under en mission uden for planeten i en landsby, der rammes af voldsomme rystelser, bliver oberst Samantha Carter, dr. McKay og dr. Keller fanget, da de falder i et jordfaldshul. Men ethvert forsøg på at undslippe bringer dem i yderligere fare.

IOA har betroet Coolidge at interviewe Teyla Emmagan og Ronan Dex om deres egnethed til at fortsætte med Atlantis-ekspeditionen. Uden nogens vidende er wraithernes plan om at invadere Midway Station ved at blive iværksat.

Teyla, som er fast besluttet på at finde de forsvundne athosianere, overtaler Sheppard til at tage med til en handelskoloni for at finde svar. Det, de finder der, fører dem til en opdagelse, som ingen kunne have forudset.

Efter en uventet tilbagevenden fortæller dr. Carson Beckett, at han er blevet holdt fanget. Da Teyla genforenes med nogle forsvundne athosianere, begynder hun at udarbejde en plan for at sikre deres flugt, hvis hun finder dem i tide.

Modløs efter endnu en frugtesløs eftersøgning efter Teyla vender oberstløjtnant Sheppard tilbage til Atlantis og fornemmer, at noget er galt – byen er forladt. Nu iværksætter McKay en risikabel plan for at ændre en fremtid, der gik frygteligt galt.