Amate, una liceale che vive in una colonia spaziale, incontra Nyaan, una corriera, e viene coinvolta nelle attività illegali di alcuni rigattieri. Incapace di tollerare la brutalità della polizia militare che sta tentando di catturare il misterioso mobile suit noto come "Gundam Rosso", Amate salta sul GQuuuuuuX, il mobile suit di nuova generazione che giace davanti a lei.

Durante la Guerra di un Anno, Char, un asso dell’aviazione delle Forze del Principato di Zeon, cattura il “Gundam”, il nuovo mobile suit della Federazione Terrestre, su Side 7. In seguito a ciò, le sorti della guerra cambiano radicalmente, portando alla vittoria del Principato di Zeon.

Amate viene trascinata suo malgrado nel mondo dei duelli competitivi illegali tra mobile suit noti come "Battaglie tra Clan". In preda all’ansia, fa la conoscenza di Shuji, il ragazzo che pilota il Gundam Rosso. Amate gli propone di formare un "MAV" con lei e di partecipare insieme alle Battaglie tra Clan. Iscrittasi col nome "Machu", la ragazza torna nello spazio a bordo del GQuuuuuuX.

Una super unicum nota come "Strega", che ha abbattuto oltre 100 nemici durante la Guerra di un Anno, entra nella Battaglia tra Clan per regolare un vecchio conto con il Gundam Rosso. Vedendo questa Strega, che si aggrappa al combattimento con il mobile suit anche a costo di abbandonare il marito e il figlio, Machu è testimone delle profondità dell'ossessione umana.

Machu progetta di guadagnare del denaro con le Battaglie tra Clan e di andare sulla Terra con Shuji e Nyaan. Il giorno dell’incontro, però, la ragazza viene riconosciuta da Xavier. Di questo passo, il viaggio sulla Terra rimarrà soltanto un sogno.

Annqi scopre il nascondiglio di Shuji. Le informazioni sul Gundam Rosso valgono più di qualsiasi premio in denaro vinto nelle Battaglie tra Clan e Machu scopre che la donna trama vendere queste informazioni durante il prossimo incontro. Nel frattempo, i servizi segreti della Federazione Terrestre ottengono informazioni top secret su Kycilia.

Scoperte le intenzioni di Annqi, Machu escogita un piano con Nyaan per usare la Battaglia tra Clan come mezzo per aiutare Shuji a fuggire. Il loro prossimo avversario, però, è un nuovo mobile armor pilotato da terroristi che mirano ad assassinare Kycilia.

Nelle fasi finali della Guerra di un Anno, la flotta Sodon guidata da Char fece una sortita per impedire alle Forze della Federazione Terrestre di far cadere la fortezza Solomon e per proteggere la città lunare di Granada. Cinque anni dopo, a Granada, Nyaan era lì con Kycilia.

Guidata da un messaggio misterioso, Machu evade dalla Sodon e scende sulla Terra col GQuuuuuuX. Dopo un atterraggio di emergenza, la ragazza viene soccorsa da una donna venerata come “la Signorina”, che è tenuta prigioniera nel palazzo Kabas. Machu decide di portarla via con sé e tenta di fuggire con il Core Fighter.

Per impedire allo Yomagn’tho di provocare distruzione, Machu si reca al salvataggio della ragazza nella Rosa su richiesta di Challia Bull. Tuttavia, Kycilia agisce per prima. Il GFreD, il mobile suit di Nyaan, avvia l’attivazione del cannone Zeknova, il cui bersaglio è l’intera popolazione terrestre.

Il GQuuuuuuX di Machu combatte con il GFreD di Nyaan mentre tenta di salvare la Ragazza nella Rosa. Successivamente, guidata da Shuji, Machu si addentra da sola nello Yomagn'tho, dove incontra Char e Kycilia.

La fine è giunta. Un mobile suit bianco apparso dall’altro lato cerca di uccidere Lalah. Con grande sorpresa di Machu, il pilota di quel Demone Bianco non è altri che Shuji. Determinata a proteggere Lalah, la ragazza forma un Mav con Nyaan e decide di combattere Shuji.