シーズン３はジャック・ライアンがソ連復活の秘密計画を調査するため、CIAロシア支局の支局長エリザベス・ライトと、ロシア・ハウスのトップであるジェームズ・グリーアの指示のもと危険な任務につくところから幕を開ける。そのころ、チェコ共和国での暗殺事件により、チェコ大統領のアレナ・コヴァチはロシアとの関係において危険な立場に置かれるのだった。

ギリシャでの任務失敗により国際手配されることになったジャックは、身を隠しながら旧友に助けを求める。

ジャックはソコルに関する情報源を突き止めるためウィーンに向かう。グリーアはNATOとの取引についてアレナに助言する。アレナの父であるペトル・コヴァチは、チェコの森で仲間を集い狩りに出かける。

ジャックとマイクはソコルの核兵器の在りかを突き止めるため、武器商人のおとり捜査を計画する。グリーアはペトル・コヴァチに関する重要な、そして罪になり得る情報を見つける。

ジャックとマイクは、ソコルの核兵器を回収するためロシアの廃墟に向かうが、予期せぬ人物によって計画を阻止される。一方ペトルは、警護責任者のラデックに誘拐されたアレナを救おうとする。

ジャックは、チェコ共和国に輸送された核装置の爆発を止めるため、時間との勝負に直面する。ペトルとルカの秘密の過去は衝撃的な展開で明るみになる。

ソコル・プロジェクトの裏の首謀者を探るため、ジャックはルカと協力してモスクワで任務を開始する。

ジャック、グリーア、ライト、アレナ、ルカは、第三次世界大戦の開戦を阻止するため、それぞれの役割を全うする。