Saverio Barone, un giovane magistrato in servizio a Termini Imerese decide di denunciare al CSM il suo capo, Salvatore Donà, sospettando una sua collusione con la mafia locale. Tony Calvaruso è in prova per un nuovo lavoro: autista personale di Leoluca Bagarella il boss a capo dell’ala militare della mafia corleonese.

Saverio è nel pool da qualche mese, Elia gli affida un compito: volare in Svizzera insieme al pentito Salvatore Cancemi e recuperare cinque milioni di dollari che il mafioso avrebbe nascosto lì per conto di Bagarella. Don Luchino, intanto, revoca l’ordine d’uccisione del piccolo Di Matteo: il bambino sarà tenuto in ostaggio da Giovanni Brusca in attesa che il padre ritratti.

Saverio ha ottenuto le indagini su Mico Farinella, ma in otto mesi le ricerche non hanno prodotto risultati. Un giorno però accade l'impensabile: viene ucciso un uomo per strada e una testimone fornisce l’identikit del tizio che stava con la vittima. Si tratta di Mico Farinella. Finalmente l'indagine ingrana. Bagarella e Vincenzina ricevono la visita di un vecchio amico, Nunzio Scalera.

Saverio riesce a rimettersi sulle tracce di Mico Farinella e, dopo mesi di attesa, alla fine le maglie dell'indagine si stringono rapidamente intorno al boss delle Madonie, fedelissimo di Don Luchino. Ma non è solo la magistratura a minacciare in quei giorni il clan di Bagarella: a Villabate la famiglia Di Peri alza la testa per prendere il controllo del mandamento.

Bagarella ha scatenato la guerra. Una scia di morti tra Corleone e Villabate che cementa la coppia investigativa Mazza-Barone e che porta Saverio a passare sempre più tempo fuori casa, nel tentativo di capire cosa sta succedendo. La svolta investigativa la fornisce, Serena, amante di un mafioso vicino ai Di Peri, Salvatore Barbagallo.

Barbagallo si rivela la chiave investigativa giusta. Grazie alla sua confessione Saverio e Mazza possono tentare di smembrare il clan dei Di Peri e, pur senza avvicinarsi a Bagarella, porre fine a quella guerra sanguinosa. Giovanni Brusca è stanco di spargere sangue e decide di affrontare Bagarella: se davvero crede che ci sia un complotto contro i corleonesi, deve provarlo.

Bagarella decide di sospendere la guerra. Tony ha l'opportunità di dedicarsi a un nuovo business: un negozio di jeans da gestire insieme a Tullio Cannella. Mazza sta battendo una nuova pista su Pasquale Di Filippo, boss di Corso dei Mille vicinissimo a Bagarella. Saverio invece ha visto spuntare, tra le carte dell'indagine, il nome di Lucio Raja, l'uomo che da giovane gli ha insegnato a cacciare.

L’indagine su Raja ha svelato il covo in cui si nasconde Di Filippo. I nostri mettono il covo sotto osservazione e lo riempiono di cimici, nell’attesa di un elemento che possa portarli a Bagarella. Don Luchino interrompe il periodo di lutto ordinando l'omicidio di un uomo di Giovanni Brusca, sospettato di parlare con gli sbirri.

Saverio e Mazza hanno nel mirino Tony Calvaruso e il suo negozio. Seguendolo individuano il palazzo in cui, con tutta probabilità, si nasconde Bagarella. La notizia getta Mazza nel caos: quel palazzo è proprio davanti a casa sua. Ma non c'è tempo da perdere: l'assedio ha inizio. Tony sospetta che, proprio in quei giorni, Bagarella si stia preparando a lasciare casa sua, e forse anche Palermo.

All'arresto di Bagarella, seguono quelli di alcuni dei suoi fiancheggiatori, compreso Tony Calvaruso. In procura esplode la gioia, ma non per Saverio: perché il piccolo di Matteo è ancora prigioniero e lui non ha in mano nulla per arrivare a quel bambino. Per Saverio è il momento più nero. Per Giovanni Brusca è arrivato infine il momento: il capo dell’ala militare di Cosa Nostra adesso è lui.

Sono passati cinque mesi e Saverio è cambiato: equilibrato, sereno, si sta per sposare. Al centro dell'indagine ci sono gli ultimi uomini a piede libero del clan di Bagarella, dai quali spera di ottenere una traccia che lo porti a Giuseppe Di Matteo. Questi stessi uomini, tra cui c'è anche Lucio Raja, stanno elaborando un piano per far evadere Don Luchino dal carcere.

Il piano di evasione di Bagarella salta. Brusca può esultare: ora ha un castello, un arsenale, un traffico di droga tutto suo. L'unica interferenza continua a essere Giuseppe Di Matteo, che Brusca tiene ancora prigioniero ma che non riesce ad affrontare. Saverio sta cercando un modo per convincere Tony a collaborare. Nel frattempo però Raja lo contatta e gli chiede un incontro di persona.