Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, et Odd retournent à leur vie quotidienne en tant qu'élèves du collège Kadic. Mais X.A.N.A., le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition, et
