FBI：特別捜査班

爆弾の爆発によって壊滅的な被害を受けたアパート。FBIニューヨーク支局の特別捜査官マギー・ベルとオマル・アドム・"OA"・ジダンはギャング間の抗争の可能性を疑うが、主要な容疑者たちが無残に殺された状態で発見される。

ニューヨークの食品店で8人が毒殺される。特別捜査官マギー・ベルとOA・ジダンは予想外の犯人にたどり着き、次の被害を防ぐためにおとり捜査をする。

特別捜査官マギー・ベル、OA・ジダン、およびチームが生存者の協力を得ながら18人の若い女性が殺された事件を捜査する。

スナイパーを追跡する特別捜査官マギー・ベルとOA・ジダンだが、犯人の意図がつかめぬまま狙撃による被害者が増えていく。

特別捜査官マギー・ベルとOA・ジダンが、原子力発電所の監査官の死と漏水との関連性を捜査する。

上院議員の娘が身代金目的で誘拐される。期限前に救出するようFBIが捜査支援を依頼されるが、犯人につながる手がかりを得るためには上院議員の過去を探らなくてはならない。

マギーとOAは、ニューヨーク市警を装って現金輸送車を襲う冷酷な武装強盗団を追い詰める。

マギーとOAは、誘拐された元細菌兵器開発者の捜索を主導する。

事件の重要証人と連邦保安官が襲撃され殺害された。マギーとOAは証人の情報を漏らした人物を突き止める。

FBIの情報提供者になった違法武器仲介人が殺される。OAはマギーと元FBI教官ローワン・クイン（ビリー・バーク）の助けを借り、この仲介人になりすまし潜入捜査をする。

終身刑の判決を出した判事が娘と共に殺される。マギーとOAは、動機は報復ではないかと考え捜査をする。判事と知り合いだったデイナは事件に強い関心を持つ。

ニューヨークの大学でオルタナ右翼の扇動者が講演後に殺される。マギーとOAは大学内の過激な政治団体を捜査するなか、OAの妹で学生のアミラ（シンシア・ハミディ）の助けを借りる。

マギーとOAは、非番の警察官が犠牲になった凶悪強盗事件の犯人２人組を捜索する。

記者が殺された事件の捜査中にチームは過去の事件に関連した情報をつかむ。記者の死はマギーの私生活に起きた辛い出来事を思い出させ、彼女は必死にその答えを探す。

ウォール街のビジネスマンをターゲットにした連続爆破事件。マギーとOAは復讐に固執する容疑者を追う。一方、デイナは捜査のアドバイスのために呼ばれた傲慢なプロファイラー、スペンサー・ブリッグス（パウロ・コスタンゾ）と対立する。

ネット上で名声を得ようと裕福な家庭の娘を誘拐する事件が起きた。マギーとOAは、犯人が世間の記憶に残すために計画した、拉致を超えるものだったと知る。

マギーとデイナは、遺体に猟奇的な印を残す連続殺人犯を追跡するため奮闘する。一方、経済的打撃を恐れた市長が捜査に圧力をかける。

OAとマギーはFBIの逃亡者捜査班と組み、最重要指名手配者リストに入る殺人容疑者を追う。ゲスト俳優はFBI捜査官ジェス・ラクロイを演じるジュリアン・マクマホン、FBI捜査官クロスビーを演じるケラン・ラッツ、FBI捜査官シェリル・バーンズを演じるロキシー・スタインバーグ、FBI分析官ハナ・ギブソンを演じるケイシャ・キャッスル＝ヒューズ、FBI捜査官クリントン・スカイを演じるナサニアル・アルカン、主任特別捜査官イゾベル・カスティーユを演じるアラナ・デ・ラ・ガーザ。

危険な麻薬組織に利用されたアメリカの外交官が殺され、チームは組織を消滅させるために協力しなくてはならない。またジュバルとOAは、過去の誘惑と葛藤する友人を助けようとする。

議論の的になっているエジプトの最高幹部が心臓移植のためニューヨークを訪れる。OAは彼の警護を命じられるが、個人的な見解とプロとしての義務との間で苦悩する。

優秀なFBI捜査官が殺害されチームが捜査すると、彼が二重生活を送っていたことを突き止める。殺された捜査官の妻と友人関係のマギーは、どこまでその情報を明かすべきか苦悩する。

マギーの夫の死に関する情報を知る女性が誘拐される。チームは背後に予想を上回る犯罪があることを突き止める。またデイナは個人的な感情が絡むマギーに事件を担当させたことで自身のキャリアを危険にさらす。シーズン１　最終話。