Un monde couvert d'un brouillard rouge. Dans un immeuble en ruines, Rin, une fille avec les cheveux relevés, et Rina, une fille avec des nattes, recherchent de l'eau. Alors qu'elles allaient signaler leur découverte à Ritsu située loin d'elles, le danger arrive.

Grâce à Wakaba, Rin, Ritsu et les Rinas sont saines et sauves. L'identité de Wakaba est toujours inconnue, mais Rin l'emmène avec elle en expédition.

Tout le monde est en route à la recherche d'eau. Les nouveaux lieux et objets attisent la curiosité de Wakaba, poussant les Rinas à tout lui expliquer. Pendant leur voyage, ils sont témoins de quelque chose…

Wakaba montre un très grand intérêt pour le Kemurikusa. Il apprend qu'il y en a beaucoup de sortes différentes dans ce monde, notamment celui que Ritsu lui a donné. Le groupe atteint maintenant le Pont du Ciel.

Le groupe continue son chemin à la recherche d'eau. À un moment, Ils sont forcés de continuer à pieds et décident de donner de l'eau à Midori. Quand soudain...

Les sœurs dorment dans le wagon pour reprendre des forces. Wakaba part seul à la recherche de Kemurikusa, mais, trop concentré sur sa quête, il se perd. Loin dans l'immeuble, il fait une rencontre inattendue.

Le groupe arrive enfin sur une île inexplorée. La sortie du tunnel semble révéler un monde totalement différent de ce qu'ils connaissent. Avec de grands espoirs, ils suivent une racine.

Le groupe décide de continuer à avancer. Le brouillard rouge est plus épais que jamais, et Rin, Ritsu et Rina font face aux attaques d'Insectes Rouges. Elles vont bientôt faire face à une sombre réalité.

Rin, Ritsu, Rina et Wakaba sont arrivés sur une nouvelle île. La route vers leur destination s'avère semée d'embuches, et ils décident d'un plan d'action.

Rin, Ritsu, Rina et Wakaba utilisent chacun leurs compétences pour se battre contre les Insectes Rouges, et finalement...

Rin et Wakaba regardent la Feuille de la Mémoire sur le chemin vers l'arbre rouge. Ils voient la Première Personne et…

Le groupe utilise toutes ses forces pour vaincre la racine. Comment ce voyage se terminera-t-il pour Rin, Ritsu, Rina et Wakaba?