Um mundo coberto de neblina vermelha. Dentro de um edifício decadente, Rin, uma menina com o penteado para o alto, e Rina, uma menina de maria-chiquinha, procuram água. Prestes a comunicarem à Ritsu, que está num local afastado, elas se deparam com um problema.

Rin, Ritsu e Rinas estão em segurança graças ao Wakaba. A identidade dele ainda é desconhecida, mas Rin permite que ele as acompanhe numa expedição.

O grupo está viajando a procura de água. A paisagem e os objetos novos despertam o interesse do curioso Wakaba, obrigando as Rinas a explicarem tudo. Durante a viagem, eles testemunham algo…

Wakaba demonstra um interesse enorme em Kemurikusa. Ele aprende que existem tipos variados nesse mundo, como a Kemurikusa que ele recebeu da Ritsu. Agora, o grupo vai para a Ponte do Céu.

O grupo continua procurando por água. Em determinado momento, são forçados a seguir a pé e decidem dar água à Midori. Mas aí…

As irmãs dormem no vagão para descansar. Wakaba sai sozinho para procurar Kemurikusa, mas se empolga com a exploração e se perde. No interior do edifício, ele vê algo inesperado.

Finalmente, o grupo chega a uma ilha inexplorada. No fim do túnel parece haver um mundo diferente do que conhecem. Com grandes esperanças, começam a seguir a raiz.

O grupo decide seguir em frente. A neblina vermelha está mais forte do que nunca, e Rin, Ritsu e Rina lutam contra os ataques das Pragas Vermelhas. Em breve, enfrentam uma realidade cruel.

Rin, Ritsu, Rina e Wakaba chegaram a uma ilha nova. O caminho para o destino deles revela-se difícil, e eles decidem criar um plano para o próximo passo.

Rin, Ritsu, Rina e Wakaba exploram suas qualidades únicas para combater as Pragas Vermelhas e finalmente...

No caminho para a árvore vermelha, Rin e Wakaba veem a Primeira Pessoa na Folha da Memória e…

O grupo usa todo seu poder para lutar contra a raiz. Como será que acabará a viagem de Rin, Ritsu, Rina e Wakaba?