L’era Edo. Figlia di un dojo di arti marziali, Rin intraprende un viaggio per vendicare i genitori uccisi. Per guardia del corpo per il suo viaggio, Rin sceglie l'immortale Manji, detto l'Uccisore di Centinaia. L’obiettivo di Rin è la testa degli Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu, l'uomo che lei odia. Inizia l'avventura dell'uomo che non muore mai e della ragazza che ha giurato di vivere per vendetta.

Rin annuncia che nel suo viaggio di vendetta incontrerà l'amico del padre, Souri, il pittore. Questi non può aiutarla, però le dà dei fondi. Rin, ora con un portafoglio pieno ma senza piste da seguire, trova la spada del padre presso il fabbro da cui si dice fosse stata rubata. Tuttavia, il suo possessore è ora uno spadaccino degli Ittou-ryu, Taito Magatsu.

Una prostituta avvicina Manji mentre questi aspetta Rin. Sebbene Manji intuisca le vere intenzioni della prostituta, accetta il suo invito. Ma la donna, Makie Otonotachibana, sembra troppo debole per essere una guerriera degli Ittou-ryu come però sostiene. Dopo aver risparmiato la vita a Makie, Makie appare di nuovo davanti a Manji con occhi e capelli diversi.

Volendo diventare più forte lei stessa, Rin si fa addestrare da Manji, ma le ci vorrà molto per uguagliarlo in abilità, e ancora di più per uguagliare gli Ittou-ryu. Attirata da un suono, Rin trova un uomo che si allena da solo. "Un giorno sarò come lui", si dice, quindi si stupisce nel vedere il volto dell'uomo. È il suo arcinemico, il capo degli Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu.

Dopo aver visto Kagehisa, a Rin cedono le gambe. Persi nei loro pensieri, Rin e la sua guardia Manji vengono avvicinati da un monaco buddista, Eiku Shizuma degli Ittou-ryu. Questi combatte con Manji ma viene rapidamente ucciso. Tuttavia, nonostante il colpo letale, Shizuma si rialza, la ferita sanata completamente. Shizuma possiede un corpo immortale, proprio come Manji.

Venuta a vedere il festival, Rin incontra un ragazzino sfacciato, Renzou. Al negozio di maschere le cose si fanno tese tra Manji e Araya, fino a quando non si presenta il figlio di Araya, Renzou, e l'ostilità si dissolve. Araya e Renzou quindi si allontanano. Avendo visto Manji da dietro, per qualche motivo Rin continua a osservare Araya con occhi pieni di shock e odio.

Si discute sulla nomina dell'istruttore della scuola Ittou-ryu, come concesso loro dallo shogunato. La spada degli Ittou-ryu verrà resa nota in tutto il mondo. Taito Magatsu promette di rendere tutto una realtà, ma decide di partire al fianco di Kagehisa Anotsu. Allo stesso tempo, i leader degli Ittou-ryu vengono presi di mira. Anche la punta di quella lama è rivolta verso Magatsu.

Al fine di assassinare Kagehisa, Manji e Rin coinvolgono il quartetto noto come Mugai-ryu, che ha informazioni su di lui. In attesa sulla strada che porta fuori da Edo, basandosi su informazioni conosciute solo da Rin, lei e Shira si avvicinano sempre più a Kagehisa mentre questi cerca di fuggire dagli altri.

A Giichi era stato detto dove si trovava Kagehisa, e ora lei e Manji sono sospettati di omicidio indiscriminato. I criminali sospetti non possono superare il checkpoint, ma grazie a una domestica che conosce Rin, si presenta una contromisura. La donna dirige da sola in un villaggio dove può trovare aiuto per superare il checkpoint.

Manji vuole seguire Rin, ma non ha un pass per farlo. A questo punto, saltano fuori Souri e Magatsu. Souri dice a Manji che potrà acquisire da Manji tutti i pass che desidera, ma a una condizione. Nel frattempo, una Shira dai capelli grigi e con un braccio solo appare a Hyakurin e Shinriji mentre questi rielaborano il loro piano per assassinare Kagehisa.

Ora compagni di viaggio per il bene dei loro obiettivi, Manji e Magatsu vengono aggrediti da un gruppo di uomini calvi. Un dolorante Manji viene avvicinato da dietro da Shira, che gli stacca un braccio. Shira ha ricostruito il proprio corpo e desidera una rivincita con Manji. Ma ora Magatsu, la cui donna importante è stata uccisa da Shira, si trova sul suo cammino.

Dopo essere partita per Kaga alla ricerca di Kagehisa, una distrutta Rin viene salvata dallo stesso Kagehisa. Dovendo cooperare con Kagehisa che è inseguito dallo Shingoto-ryu, presto Rin inizia a vedere Kagehisa, suo nemico, come un essere umano.

I membri degli Ittou-ryu sono stato massacrati dallo shogunato. In segreto Kagehisa raccoglie i membri restanti, e complotta vendetta contro lo shogunato. Manji è invitato al Mugai-ryu da Giichi, ma rifiuta e i due si sfidano a duello di spada. L'arma di Giichi si rompe, e così viene dichiarata una tregua. Maji decide di incontrare il capo del Mugai-ryu, Habaki.

Manji viene rinchiuso in una prigione grazie a un piano di Habaki. Questi usa un medico, Burando Ayame, per cercare di svelare il mistero dell'immortalità. Per il progresso della medicina, Burando affonda un bisturi nel corpo di Manji. Nel frattempo, aspettando il ritorno di Manji, Rin è coinvolta in una strana convivenza con Doua e Isaku, che stavano cercando un posto dove stare.

Burando riesce a trapiantare il braccio sinistro di Manji sul corpo-test di Dewanosuke. Da lì in poi, nuove prove hanno successo. Ma Habaki fa pressione su Burando e pretende risultati. La lama di Habaki si avvicina all’immortale imperfetto Dewanosuke. Per strada, Rin incontra Doua e Isaku mentre cerca Manji. A questo punto si avvicina a loro l’agente che Doua aveva tramortito.

Sin dall'incidente con Dewanosuke, Burando ha continuato a fare errori su errori, tanto che viene gettato in isolamento da Habaki dove impazzisce. Ma per via della sua follia, Burando afferra qualcosa di importante dagli esperimenti sull’immortalità: gli umani sono essenzialmente lontre. Nel frattempo, Rin e Doua decidono di infiltrarsi nel castello di Edo per salvare Manji e Isaku.

Finalmente Manji e Rin si rincontrano. Ma il formidabile nemico creato da Habaki nella prigione blocca loro la fuga. Come rinforzo arrivano Doua e il creduto morto Isaku. Il sotterraneo inizia a cedere. Mentre la fuga si avvicina, si para davanti a Rin e Manji una persona inattesa. Quindi, la risposta a cui arrivò Burando dai risultati dei suoi esperimenti...

Dopo il fallimento al Castello di Edo, Habaki viene licenziato. Tuttavia, per annientare gli Ittou-ryu, si dirige verso Rokki-dan nella speranza di riuscire a soggiogarli. Ma Ugen, il nuovo direttore, decide che gli Ittou-ryu, dopo aver lasciato Edo, sono ora fuori pericolo. Inoltre, per assicurarsi che Habaki rispetti l'accordo, gli vengono presi in ostaggio moglie e figli.

Gli Ittou-ryu sono inseguiti dal Rokki-dan, guidato da Habaki. Saputo questo, Rin e Manji decidono di lanciarsi anche loro all’inseguimento. Nonostante tutte le persone che lasciano Edo per inseguire gli Ittou-ryu, i quattro leader nominati da Kagehisa Anotsu non si vedono da nessuna parte. Ma nelle prime ore del mattino, Kagehisa e gli altri tre sono presso l'Ootemon di fronte al Castello di Edo.

Rin e Manji inseguono Kagehisa, ma Shira li attacca e Rin viene rapita. Correndo a salvarla, non solo Manji incontra Shira, ma anche Renzou. Manji lotta con Shira per salvare Rin. Ma sorprendentemente, ciò che lo colpisce è il braccio sinistro di Shira, che sarebbe dovuto essere andato perso.

Manji è ferito nel duello con Shira. Renzou cerca di uccidere Manji con una spada, ma Rin e gli altri lo dissuadono. Intanto Habaki è livido dopo aver appreso dell'attacco al Castello di Edo. Anche in assenza del loro leader, vuole seguire gli Ittou-ryu. Uno di questi si rifugia in un villaggio di montagna. La figlia di Habaki, Ryou, cerca di convincerlo di essere utile a suo padre.

Arashino, Hasshuu e Murasaki dei Rokki-dan agiscono come avanguardie nello scontro con gli Ittou-ryu. Il cruciale Abayama riesce a fuggire con l'aiuto dei suoi seguaci. Però deve poi affrontare Giichi e Hyakurin, che inseguivano Abayama per aiutare Habaki.

Ittou-ryu, Rokki-dan, Manji e Rin si riuniscono a Nakaminato, come se fossero stati guidati lì. Tutti hanno buoni motivi per usare la spada nel momento in cui iniziano il loro ultimo duello alla morte. Inganni, sottomissioni e balli nel caos. Nella decisiva battaglia tra i più forti voleranno scintille. E l'ultima risata la farà...

Le vite di coloro che si sono radunati svaniscono una dopo l'altra. I rimanenti sono pesti e contusi. Comunque afferrano ancora le spade e si sfidano gli uni gli altri. Un’ultima persona resta in piedi... E la vendetta si è adempiuta... Cala ora il sipario sul racconto dell'uomo con la vita eterna e delle persone le cui vite terminali erano un tripudio di passione.