Durante o período Edo, a filha de um mestre de artes marciais embarca numa jornada de vingança pelos pais assassinados. Para acompanhá-la, Rin escolhe como guarda-costas o imortal Manji, apelidado de Assassino de Centenas. Seu alvo é o chefe dos Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu, o homem que ela mais odeia no mundo. Dá-se início à aventura do homem que nunca morre e da garota em busca de vingança.

Rin anuncia que irá encontrar-se com o amigo do pai, Souri, o pintor, na sua jornada por vingança. Souri não pode ajudá-la, mas lhe dá dinheiro. Com a carteira cheia e nenhuma pista, Rin encontra a espada do pai na serralharia de onde foi supostamente roubada. No entanto, a arma está na posse de um espadachim do Ittou-ryu, Taito Magatsu.

Uma prostituta se aproxima de Manji enquanto ele espera por Rin e, apesar de perceber sua artimanha, ele aceita o convite dela. A mulher, Makie Otonotachibana, parece fraca demais para ser uma guerreira do Ittou-ryu, como afirma. Depois de poupar a vida dela, ela reaparece diante de Manji com olhos e cabelos diferentes.

Buscando se fortalecer, Rin recebe treinamento de Manji, mas está longe de se equiparar a ele em habilidade, menos ainda à escola Ittou-ryu. Em melancolia, Rin é atraída por um barulho e encontra um homem treinando sozinho. "Um dia, eu serei como ele", ela pensa, mas logo se surpreende ao ver o seu rosto. É o seu arqui-inimigo, o chefe dos Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu.

Após ver Kagehisa, Rin fica desamparada. Perdida em pensamentos, ela e seu guarda-costas Manji são abordados por um monge budista. O monge é Eiku Shizuma da Ittou-ryu. Ele luta com Manji, mas é rapidamente derrotado. No entanto, apesar do golpe letal, Shizuma se levanta e a ferida se regenera integralmente. Shizuma possui um corpo "imortal", assim como Manji.

Rin conhece uma criança atrevida, Renzou, durante o festival. Na loja de máscaras, as coisas esquentam entre Manji e Araya, e a hostilidade só se dissolve quando o filho de Araya, Renzou, aparece. Araya e Renzou deixam a loja. Tendo observado Manji de longe, Rin tem motivos para encarar Araya com olhos de choque e ódio.

Começaram as discussões sobre a tarefa de nomear o instrutor da escola Ittou-ryu, previsto pelo xogunato. A espada da Ittou-ryu deverá ser conhecida no mundo. Taito Magatsu promete tornar isso realidade, mas decide sair do lado de Kagehisa Anotsu. Paralelamente, os líderes dos Ittou-ryu se tornam alvos. A ponta dessa lâmina também está apontada para Magatsu.

Manji e Rin envolvem os quatro conhecidos como Mugai-ryu, os quais mantêm informações sobre Kagehisa, com o intuito de assassiná-lo. Deitada na estrada que deixa Edo, e com base em informações conhecidas apenas por Rin, ela e Shira se aproximam de Kagehisa enquanto ele tenta fugir dos outros.

Rin foi informada do paradeiro de Kagehisa por Giichi, e agora ela e Manji são suspeitos de assassinato. Suspeitos de crimes não podem passar pelo posto de controle, mas graças a uma criada conhecida de Rin, ela tem uma contramedida. Sozinha, ela segue para uma aldeia onde conseguirá ajuda para passar pelo controle.

Manji quer ir atrás de Rin, mas ele não tem passe. Nessa hora, Souri e Magatsu aparecem diante dele. Manji aprende que há como adquirir quantos passes quiser, sob uma condição. Enquanto isso, Shira aparece diante de Hyakurin e Shinriji, com cabelos grisalhos e um braço só, enquanto eles reformulam seus planos de assassinar Kagehisa.

Em prol de objetivos em comum, Manji e Magatsu viram companheiros de viagem e são atacados por um grupo de homens carecas. Manji, gemendo de dor, é abordado por trás por Shira, que decepa o seu braço. Shira reconstruiu seu corpo e desejava uma revanche com Manji, mas Magatsu, cuja importante mulher foi morta por Shira, cruza o seu caminho.

Depois de partir para Kaga em busca de Kagehisa, Rin desaba e é resgatada pelo próprio Kagehisa. Obrigada a cooperar com Kagehisa, que vem sendo perseguido pelos Shingoto-ryu, Rin começa a enxergar seu inimigo como um ser humano.

Os membros da Ittou-ryu foram massacrados pelo xogunato. Kagehisa reúne os membros restantes em segredo e planeja vingança contra o xogunato. Manji é convidado para ir a Mugai-ryu por Giichi, mas diante da recusa, os dois se confrontam. Eles declaram cessar-fogo quando a arma de Giichi quebra. Maji decide encontrar-se com o chefe da Mugai-ryu, Habaki.

O plano de Habaki acaba prendendo Manji numa masmorra. Habaki chama o médico Burando Ayame para tentar resolver o mistério da imortalidade. Em nome do avanço da medicina, Burando corta o corpo de Manji com bisturi. Enquanto espera pelo retorno de Manji, Rin se vê numa estranha coabitação com Doua e Isaku, que procuravam um lugar para ficar.

Burando consegue transplantar o braço esquerdo de Manji para o corpo de Dewanosuke. A partir daí, mais testes serão bem-sucedidos, mas Habaki pressiona Burando e exige resultados. A lâmina de Habaki ameaça o imperfeitamente imortalizado Dewanosuke. Rin encontra-se com Doua e Isaku nas ruas enquanto procura por Manji. É quando o oficial derrotado por Doua os aborda.

Desde o incidente com Dewanosuke, Burando continuou cometendo erros. Por fim, ele é jogado na solitária por Habaki e enlouquece. Como resultado da sua loucura, Burando compreende algo importante sobre os experimentos da imortalidade: os humanos são essencialmente lontras. Enquanto isso, Rin e Doua decidem se infiltrar no castelo Edo para resgatar Manji e Isaku.

Manji e Rin finalmente se reencontram, mas o inimigo formidável feito por Habaki bloqueia a fuga deles da masmorra. Até que chegam os reforços de Doua e Isaku, considerado morto. A masmorra começa a desmoronar. Com a aproximação da fuga de Rin e Manji, surge uma pessoa inesperada. Chega a resposta que Burando buscava a partir dos resultados das suas experiências...

Após seu fracasso no castelo de Edo, Habaki é demitido como líder. Ainda assim, para aniquilar os Ittou-ryu, ele lidera Rokki-dan na esperança de subjugação. No entanto, o novo líder, Ugen, decide que os Ittou-ryu, após deixarem Edo, estão a salvo. Além disso, para garantir que ele cumpra o acordo, a esposa e os filhos de Habaki são capturados como reféns.

Os membros da Ittou-ryu são perseguidos pela Rokki-dan, liderados por Habaki. Ao saberem disso, Rin e Manji decidem persegui-los também. Apesar de tantos deixarem Edo para perseguir os Ittou-ryu, o paradeiro dos quatro líderes nomeados por Kagehisa Anotsu é desconhecido. Portanto, nas primeiras horas da manhã, Kagehisa e os outros três se colocam diante do portão principal do castelo Edo.

Rin e Manji perseguem Kagehisa, mas são atacados por Shira, e Rin é capturada. No caminho para resgatá-la, Manji não só encontra Shira, como Renzou também. Durante a luta com Shira, surpreendentemente, Manji é golpeado pelo braço esquerdo de Shira, que havia sido dado como perdido.

Manji é ferido no duelo com Shira. Renzou pega uma espada para matar Manji, mas Rin e os outros o convencem do contrário. Enquanto isso, Habaki fica enfurecido ao saber do ataque ao castelo Edo. Apesar da falta de liderança, segue a perseguição à Itto-Ryu. Como resultado, um dos membros da Ittou-ryu entra numa vila nas montanhas. A filha de Habaki, Ryou, tenta subjugá-lo para ser útil ao pai.

Arashino, Hasshuu e Murasaki da Rokki-dan saem na frente no confronto contra os Ittou-ryu. Abayama consegue escapar com a ajuda dos seus seguidores. No entanto, ele terá que enfrentar Giichi e Hyakurin, que o perseguiram para ajudar Habaki.

Ittou-ryu, Rokki-dan e Manji e Rin se reúnem em Nakaminato, como se fosse predestinado. Todos trazem seus motivos nas espadas para o confronto final com a morte. Enganação, dominação e turbulência. Faíscas voarão na batalha decisiva entre os mais fortes. Agora veremos quem ri por último.

As vidas em batalha estinguem-se uma após a outra. Os que sobram estão surrados e feridos. Ainda assim, eles levantam suas espadas e atiram suas convicções uns contra os outros. O último sobrevivente... E a vingança foi cumprida? A cortina encerra a história do homem de vida eterna e daqueles cujas vidas finitas foram uma chama de paixão.