Pendant l'ère de l'Edo. Fille du maître d'un dojo d'arts martiaux, Lin s'embarque dans une mission pour se venger de la mort de ses parents. Pour lui servir de garde du corps, elle a choisi Manji, l'homme immortel, surnommé le "tueur d'une centaine". Sa cible est le chef de l'école Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu, l'homme qu'elle hait. Voici les aventures de la vengeresse et de l'homme immortel.

Lin annonce qu'elle va voir un ami de son père, Sōri, un peintre, durant sa mission de vengeance. Sōri ne peut pas venir l'aider, mais lui donne de l'argent. Lin, le portefeuille plein mais sans piste, retrouve l'épée de son père chez un forgeron chez lequel elle est supposée avoir été volée. Son nouveau propriétaire est un maître de sabre de l'école Ittô-Ryû, Taïto Magatsu.

Une prostituée approche Manji alors qu'il attend Lin. Si Manji voit à travers la ruse de la prostituée, il accepte son invitation. Mais la femme, Makie Otonotachibana, semble être trop faible pour faire partie des guerriers d'Ittô-Ryû, comme elle le prétend. Après avoir épargné la vie de Makie, Manji la voit réapparaître avec des yeux et cheveux de couleurs différentes.

Lin demande à Manji de l’entraîner, mais ses aptitudes sont encore loin de rivaliser avec celles des disciples d'Ittô-Ryû. Lin, dans un moment de mélancolie, est attirée par un son, et découvre un homme s'entraînant seul. "Un jour, je serai aussi forte que lui", se dit-elle, avant de se rendre compte, stupéfaite, qu'il s'agit de son ennemi juré, le chef d'Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu.

Après avoir aperçu Kagehisa, Lin flanche. Perdues dans ses pensées, elle se fait approcher, avec Manji, par un moine bouddhiste nommé Eiku Shizuma, faisant partie d'Ittô-Ryû. Il affronte Manji, mais se fait rapidement vaincre. Malgré le coup mortel qu'il a reçu, Shizuma se redresse et sa blessure se referme d'elle-même. Shizuma possède un corps "immortel", tout comme Manji.

Lin, qui est venue voir le festival, rencontre un gamin effronté, Renzô. Au magasin de masques, la situation se détériore entre Manji et Araya, jusqu'à ce que le fils d'Araya, Renzô, ne débarque et les hostilités se dissolvent. Araya et Renzô s'en vont. Ayant regardé Manji de dos, Lin, pour une raison ou une autre, continue de fixer Araya, les yeux remplis de choc et de haine.

Les discussions pour nommer l'instructeur de l'école Ittô-Ryû, alloué par le shogunat, ont démarré. Le but est de faire connaître Ittô-Ryû dans le monde entier. Taïto Magatsu jure de le faire devenir réalité, mais décide de se distancer de Kagehisa Anotsu. En même temps, les chefs d'Ittô-Ryû commencent à être pris pour cible. La pointe de cette épée est aussi dirigée vers Magatsu.

Manji et Lin embauchent les quatre membres du Mugaï-Ryû, qui détiennent des informations sur Kagehisa, pour l'assassiner. Accompagnée de Shira, à l'affût sur la route qui mène à la frontière d'Edo, après avoir reçu des informations que seule elle connaît, Lin rattrape Kagehisa qui tente de s'enfuir.

C'est Giichi qui avait dévoilé la cachette de Kagehisa à Lin, et Manji et elle sont maintenant suspectés de meurtre. Les criminels suspectés ne peuvent pas franchir le poste de contrôle. Mais, grâce à une servante que Lin a rencontrée, elle a une solution. Elle se rend seule à un village où l'on peut l'aider à contourner le poste de contrôle.

Manji veut aller retrouver Lin, mais il ne peut pas franchir le poste de contrôle. Sôri et Magatsu débarquent. Sôri dit à Manji qu'il peut lui dénicher autant de passes qu'il veut, à une condition. Pendant ce temps, Shira, les cheveux gris et manchot, apparaît devant Hyakurin et Shinriji qui sont en train de modifier leur plan d'assassiner Kagehisa.

Étant devenus compagnons de route dans l'intérêt de leurs objectifs, Manji et Magatsu se font agresser par un groupe d'hommes chauves. Manji, gémissant de douleur, se fait approcher par derrière par Shira, qui, ayant guérit son corps et désirant sa revanche, lui coupe le bras. Mais Magatsu, dont une femme chère a été tuée par Shira, fait obstacle à celui-ci.

Après s'être lancée vers Kaga à la poursuite de Kagehisa, Lin, effondrée, se fait secourir par Kagehisa lui-même. Devant maintenant coopérer avec Kagehisa qui se fait poursuivre par le Shingoto-Ryû, Lin commence à découvrir l'humanité de Kagehisa, son ennemi juré.

Les membres de l'Ittô-Ryû ont été assassinés par le shogunat. Kagehisa rassemble les membres restants en secret et complote de se venger contre le shogunat. Manji est invité au Mugaï-Ryû par Giichi, mais il refuse et ils s'affrontent. L'arme de Giichi se casse, une trêve est donc déclarée. Manji décide d'aller rencontrer le chef du Mugaï-Ryû, Habaki.

Manji se fait emprisonner dans un donjon, un plan d'Habaki. Habaki demande au docteur Burando Ayame d'essayer de résoudre le mystère de son immortalité. Au nom du progrès de la médecine, Burando enfonce un scalpel dans le corps de Manji. Pendant ce temps, en attendant le retour de Manji, Lin doit malgré elle cohabiter avec Dōa et Isaku, qui recherchaient aussi un endroit où loger.

Burando transplante le bras gauche de Manji sur le corps de Dewanosuke. De nombreux autres tests s'avèrent aussi positifs. Mais Habaki met la pression sur lui et exige des résultats. L'épée d'Habaki se rapproche du corps imparfaitement immortalisé de Dewanosuke. À la recherche de Manji, Lin tombe sur Dōa et Isaku dans la rue. C'est alors que le représentant que Dōa a renversé les approche.

Depuis l'incident avec Dewanosuke, Burando fait des erreurs. Habaki finit par l'isoler et il devient fou. Mais, grâce à cette folie, Burando découvre quelque chose qu'il n'avait pas réalisée lors de ses expériences sur l'immortalité : les humains sont des loutres. Pendant ce temps, Lin et Dōa se décident à infiltrer le château d'Edo pour secourir Manji et Isaku.

Manji et Lin sont enfin réunis. Mais Habaki, leur ennemi redoutable, les empêche de s'échapper. C'est alors que Dōa et Isaku, présumé mort, arrivent à la rescousse. Leur fuite à l'horizon, une personne inattendue apparaît devant Lin et Manji... Ainsi que les résultats et la réponse que Burando a découverts avec ses tests.

Après son échec au château d'Edo, Habaki perd son poste de chef. Mais, pour éliminer Ittô-Ryû une bonne fois pour toute, il se rend au Rokki-dan avec espoir. Mais le nouveau chef, Ugen, décide qu'Ittô-Ryû, ayant quitté Edo, est maintenant hors de cause. De plus, pour s'assurer qu'il obéisse à l'accord, la femme et les enfants d'Hibaki sont enlevés.

L'Ittô-Ryû est poursuivi par le Rokki-dan, dirigé par Habaki. En l'apprenant, Lin et Manji décident aussi de les poursuivre. Même avec toutes les personnes quittant Edo à la recherche d'Ittô-Ryû, les quatre chefs nommés par Kagehisa Anotsu restent introuvables. Et puis, très tôt, un matin, Kagehisa et les trois autres apparaissent devant le portail Ootemon du château d'Edo.

Lin et Manji poursuivent Kagehisa, mais Shira les attaque et Lin est enlevée. Manji part la secourir et rencontre non seulement Shira, mais aussi Renzō. Manji affronte Shira pour secourir Lin. Mais, contre toute attente, Shira, de son bras gauche qu'il est censé avoir perdu, taillade Manji.

Manji est blessé lors de son duel avec Shira. Renzō ramasse une épée pour le tuer, mais Lin et les autres l'en empêchent. Habaki apprend, livide, l'attaque sur le château d'Edo. Mais il continue sa poursuite d'Ittô-Ryû malgré l’absence de son chef. Ainsi, un des membres d'Ittô-Ryû arrive dans un village de montagne. La fille d'Habaki, Ryo, tente de le soumettre pour qu'il puisse servir son père.

Arashino, Hasshuu et Murasaki, du Rokki-dan, servent d'avant-garde pour l'affrontement avec l'Ittô-Ryû. Abayama, membre crucial, arrive à s'échapper avec l'aide de ses disciples. Mais il doit ensuite affronter Giichi et Hyakurin, qui ont poursuivi Abayama pour aider Habaki.

L'Ittô-Ryû, le Rokki-dan, Manji et Lin se rassemblent à Nakaminato, comme s'ils y avaient été guidés. Ils ont tous des mobiles différents au début de leur altercation finale. Décevoir, soumettre et danser dans le chaos. Les étincelles vont briller durant ce combat décisif entre les plus forts. Le dernier rire appartient à...

Les vies de ceux que se sont rassemblés s'éteignent une à une. Ceux qui restent sont meurtris, mais n'abandonnent pas leurs épées pour autant et continuent d'essayer d'imposer leurs convictions. Le dernier debout... Et la revanche qui a été satisfaite... Le rideau se ferme sur l'histoire d'un homme à la vie éternelle et des personnes dont les vies limitées n'ont été que des éclats de passion.