Abgesehen von seiner Abneigung gegenüber PCs ist Saneatsu ein ganz normaler Schüler. Als er aber im Informatikunterricht eine seltsame Nachricht angezeigt bekommt, wird sein Leben auf den Kopf gestellt. Ein tödliches Spiel beginnt für ihn und seine Mitschüler.

Für die Schülerinnen der 2. Oberschule Suginami war die erste Runde der Mehrheitsdezimierung ein Schock. Eine clever gestellte Frage eines Teilnehmers stellt das ganze Spiel nun auch noch auf den Kopf.

Sudō und Saneatsu überlegen sich einen Plan, um den Verräter in ihren Reihen ausfindig zu machen. Als Saneatsu auf andere Überlebende trifft, versucht er, weitere Informationen über die Mehrheitsdezimierung zu erhalten.

Nach der Konfrontation mit Shinozaki wurden Omi und Kazuhiko vom Rest der Gruppe getrennt. Auf der Flucht vor ihrem Verfolger treffen sie auf einen Jungen, der die Mittel hat, die Schüler wieder zu vereinen.

Iruga verlangt, dass Saneatsu und seine Freunde ihm und Midō Omi überlassen, um den Imperator zu stürzen. Dafür verrät er auch, welches Ziel er und sein Partner verfolgen. In Nerima trifft Sudō auf seinen Lehrer, Shinozaki, aber auch auf Midō.

Eren ist verschwunden, dafür schließt sich Rika den Schülern aus Suginami an. Als Saneatsu versucht, sich ein Privileg anzueignen, passiert etwas Seltsames: Der Umschlag lässt sich nicht öffnen.

Da Saneatsu nun von seiner Rolle in der Mehrheitsdezimierung weiß, möchte er seine Freunde nicht weiter in Gefahr bringen und die Gruppe verlassen.

Durch das Gespräch mit Midō erhalten Saneatsu und seine Freunde viele wertvolle Informationen über den Imperator. Diese wollen sie sobald wie möglich nutzen, um ihn endgültig zu stürzen.

Die Operation zur Eroberung des Kaisers beginnt mit Nihonyanagis Ablenkungsmanöver gegen die 100.000 Marionetten, die den Turm des Kaisers umzingeln. Tojuro, Ellen und Kazuhiko kämpfen um die Zerstörung der beiden Kraftwerke. Saneatsu, Saaya, Omi und Ryuta stürmen mit Unterstützung von Gobo und seinem Team den Turm des Kaisers.

Saneatsu kann sich endlich dem Kaiser stellen. Das letzte Tasuketsu wird im Turm des Kaisers abgehalten. Schließlich kommt alles zu einem Ende, und die Verbliebenen machen sich auf den Weg, um ihre eigenen Wege zu gehen. Eine neue Weltordnung tritt in Kraft, geschaffen von Gobo und seinen Kameraden. Es gibt jedoch jemanden, der Zweifel an dieser Ordnung hat…

In der Welt, die nun von Gobo und seinen Leuten kontrolliert wird, ist die Ordnung kaum noch aufrechtzuerhalten. Bevor sie sich als Kaiser zu erkennen geben können, macht jemand, der sich ebenfalls als „Kaiser" ausgibt, eine Fernsehansage. Gobo ist verunsichert und schickt eines seiner verkleideten Biester zum Fernsehsender, wo bereits ein bestimmter Junge wartet - Raion Ouno.

Raion erreicht das Versteck von Gobo, dem falschen Kaiser. Geschickt versucht er, die wahren Absichten von Gobo herauszufinden. Aber er erliegt Ellens Sonderprivileg „Gehorsamkeitsrecht" und verrät am Ende sein wahres Ziel. In der Zwischenzeit erscheint eine Frau im Fernsehen, die behauptet, die „Königin" zu sein, und erklärt dem falschen Kaiser den Krieg.

Raion hat einen treuen Freund beim Tasuketsu verloren, wofür er den Kaiser noch mehr verachtet. Beeindruckt von Raions Kampftechnik, nimmt Gobo ihn offiziell als Teamkollege auf. Nihonyanagi, Raion und Soma begeben sich zum Fernsehsender, um die Königin und ihre Begleiter in einen Hinterhalt zu locken, aber sie müssen gegen einen neuen Feind mit einem unerwarteten Sonderrecht kämpfen.

Ikusa Garai hat einen Kampf verloren und wird von der Königin aus der Schusslinie genommen. Als Ersatz werden die Geschwister Naito Kato und Riri Kato, gemeinsam mit Toya Mutsuki, ausgewählt. Mutsuki gelingt es, die von Fukami angeführte finstere "Gruppe Kaiser" zu vernichten, aber später taucht jemand auf, der ihn manipuliert und schließlich gefangen nimmt.

Im Turm des Kaisers haben Raion, Omi und Ryuta eine Konfrontation mit Naito und Meguru. Ryuta setzt im Kampf sein „Fusionsrecht" ein, hat aber mit Naitos mächtigem Spezialprivileg zu kämpfen. Mitten in dieser prekären Situation tauchen Yagihashi, Kazuhiko und Sudo auf…

Yagihashi und Sudo kommen an wichtige Informationen durch ihren Gefangenen Mutsuki. Raion beginnt sich zu fragen, wo er in der Organisation wirklich hingehört. Sudo entschlüsselt die aktuelle Lage anhand der Handlungen der Königin und teilt seinen Kameraden mit, wie ihre neue Strategie aussieht.

Iruga Ren hat sich der Königin angeschlossen, was auf beiden Seiten für Verwirrung sorgt. Als Gobō verkündet, dass ganz Tokyo abgeriegelt werden soll, schickt Kisaragi sofort Ikusa, Meguru und Naito los.

Die Moral von Gobo und seinen Leuten ist am Tiefpunkt angekommen. Iruga besucht ihn, um ihm Informationen über das Team der Königin zu geben. Im Lager der Königin sorgt derweil die Falle, die Yagihashi Naito gestellt hat, für Aufregung. Darüber hinaus wird die überraschende Beziehung zwischen dem Kaiser und der Königin enthüllt.

Raion stellt Yagihashis Vorgehensweise in Frage, aber man zeigt ihm die kalte Schulter. Haruto, der Kaiser, erhält sein „Rückholrecht" zurück und macht sich auf die Jagd nach besonderen Privilegien in Tokio. Er nutzt sein „Verhandlungsrecht", um Kai Kasai, den Inhaber des „Abtretungsrechts", zu seinem Untergebenen zu machen.

Da Raions Undercover-Mission gut verläuft, leitet er den nächsten Schritt in seinem Plan ein: Er und das Team nutzen einen Trick, um die Position der Basis herauszufinden und Hikari zur Flucht zu verhelfen.

Obwohl Sōma und Shinozaki gerade erst im Kampf gefallen sind, bleibt den Schülern keine Zeit, um sie zu trauern. Wenn sie die Königin und den Imperator endgültig besiegen wollen, müssen sie zügig handeln.

Die Zeit ist reif für den finalen Kampf. Sudō hat sich einen ausgefeilten Plan ausgedacht, um die Streitkräfte der Königin aufzuteilen. Die geben sich jedoch nicht so leicht geschlagen.

Der falsche Kaiser und seine Truppe entfesseln ihr gut kalkuliertes Teamplay, um einen Feind nach dem anderen auszuschalten. Währenddessen lenken Yagigashi und Iruga die Königin ab. Raion hingegen hat das Gefühl, dass er sich verändert hat, nachdem er Zeit mit Kaiser Haruto verbracht hat.

Das Sonderprivileg „Stopprecht" wird aufgehoben. Um nun endlich ein Kriegsende zu finden, wird die mächtigste Trumpfkarte ausgespielt: Die Königin beschließt, Teppei wiederzubeleben. Raion bittet Kaiser Haruto, das Sonderprivileg „Verhandlungsrecht" aufzuheben. Dann erwacht Teppei und übt endlich sein „Befehlsrecht" aus.