Sæsonpremiere. Stjerneflåden må igen indkalde den legendariske Jean-Luc Picard, efter at medlemmer af hans tidligere besætning - Cristóbal Rios, Seven of Nine, Raffi Musiker og Dr. Agnes Jurati – opdager en uregelmæssighed i rummet, der truer hele galaksen.

Picard bliver transporteret til en alternativ tidslinje i år 2400, hvor hans gamle nemesis, Q, har orkestreret en sidste ”prøve”. Picard leder efter sin trofaste besætning, mens han prøver at afdække årsagen til den dystopiske fremtid.

Picard og besætningen rejser tilbage til 2024 Los Angeles på jagt efter "Watcher", som kan hjælpe dem med at identificere det tidspunkt, hvor tidspunktet afvigede. Seven, Raffi og Rios begiver sig ud i en ukendt verden 400 år i deres fortid, mens Picard og Jurati forsøger at indsamle information fra en usandsynlig og farlig allieret.

Tiden til at redde fremtiden rinder ud, så Picard tager sagen i egen hånd og søger hjælp hos en gammel ven. I mellemtiden kommer Rios på kant med loven, og Jurati indgår en aftale med Borg-dronningen.

Picard opdager, at en person fra hans fortid kan være afgørende for afvigelsen i tidslinjen. Q fortsætter sin manipulering af tidslinjen ved at interessere sig for dr. Adam Soong. Seven og Raffi forsøger en dristig redningsaktion af Rios, mens Jurati står over for konsekvenserne af sin aftale med Borg-dronningen.

Med Tallinns hjælp infiltrerer Picard og besætningen en gallafest aftenen før en rummission for at beskytte en af astronauterne, som de mener er afgørende for genoprettelsen af tidslinjen – Renée Picard. Kore gør en forbløffende opdagelse om sin fars arbejde.

Tallinn begiver sig ind i Picards bevidstløse sind for at hjælpe med at vække ham af en koma og stå over for hans mørkeste hemmeligheder og dybeste frygt. Seven og Raffi søger efter Jurati, som de frygter er bukket under for uhyrets i sit indre. Rios kæmper med at holde sandheden om sig selv skjult for Teresa.

Tiden er ved at løbe ud før opsendelsen af Europa-missionen, så Picard og Guinan må slippe væk fra FBI. Seven og Raffi står ansigt til ansigt med Jurati og den rædsel, hun er blevet.

Picard og hans besætning kæmper for livet, da de bliver angrebet af en ny inkarnation af en gammel fjende. For at overleve må Picard først bekæmpe spøgelserne fra sin fortid. Seven og Raffi står over for Jurati en sidste gang.

I afslutningen på sæson 2, kun timer før opsendelsen af Europa-missionen, befinder Picard og besætningen sig i et kapløb mod tiden for at redde fremtiden.