Vom Kampf des Second Impact gezeichnet, attackiert der vierte Engel Tokyo III und das Schicksal der Menscheit liegt in den Händen der Regierungsbehörde. Shinji muss EVA-01 fliegen. Er und die EVA-00-Pilotin Rei sind beauftragt zu kämpfen, aber EVA-01 wird vom sechsten Engel beschädigt. Misato hat vor, sämtliche Elektrizität Japans in die Kanone der EVA-01 zu bündeln, um den Engel zu besiegen.
