İkinci Darbe’yle yaralanan Dördüncü Melek, Tokyo III’e saldırır ve insanlığın kaderi Özel Devlet Teşkilatı NERV’ün ellerine kalır. Genç Shinji Ikari, EVA-01’i kullanmak zorundadır. O ve EVA-00 pilotu Rei Ayanami’ye savaşma görevi verilir ama Altıncı Melek, EVA-01’e hasar verir. Misato Katsuragi, Melek’i yenmek için Japonya’nın tüm elektriğinin EVA-01’in pozitron topuna odaklandığı bir plan çizer.
