Okaleczony w Drugim Uderzeniu Czwarty Anioł atakuje Tokio-3 i los ludzkości jest w rękach NERV-u. Młody Shinji Ikari jest zmuszony pilotować EVĘ-01. Wraz z Rei Ayanami, która pilotuje EVĘ-00, mają za zadanie walczyć, ale EVA-01 jest uszkodzona przez Szóstego Anioła. Misato Katsuragi tworzy plan skoncentrowania całej energii elektrycznej Japonii w pozytronowym dziale EVY-01, aby pokonać Anioła.
