Asuka y Mari viajan al espacio para recuperar un enigmático objeto orbital con forma de cruz, pero la misión se torna una batalla contra drones de Seele, híbridos de Ángel y Eva. El grito desesperado de Asuka despierta a la criatura sellada en el artefacto. Mientras tanto, Shinji despierta en un mundo irreconocible, donde sus aliados desconfían de él y el destino del mundo pende de un hilo.
