Amate, en videregåendeelev som bor i en romkoloni, møter en kurer ved navn Nyaan og blir involvert med en ulovlig skraphandler. Når militærpolitiet forsøker å sikre "Den røde gundamen", en mystisk mobil drakt, makter ikke Amate å se på deres brutale metoder. Hun hopper inn i GQuuuuuuX, en neste generasjons mobil drakt.

Under ettårskrigen fanger Char, et flyveress i fyrstedømmet Zeons styrker, Jordføderasjonens nyeste mobile drakt, "Gundam", på Side 7. Som følge av dette endrer krigens gang seg dramatisk, noe som fører til seier for fyrstedømmet Zeon. Men like før krigens slutt, forsvinner Char og gundamen…

Amate dras motvillig inn i ulovlig duell med mobile drakter kalt "klankamp". Hun møter Shuji, gutten som styrer Den røde gundamen, og Amate foreslår at de former en "MAV" og deltar i klankampen sammen. Amate velger deltakernavnet "Machu", og nok en gang flyr hun ut i verdensrommet ombord på GQuuuuuuX.

"Heksa", et superunikum som skjøt ned over 100 fiender under ettårskrigen, deltar i klankampen for å ta hevn på Den røde gundamen. Machu blir vitne til menneskelig besettelse når Heksa holder fast ved å kjempe, selv om det betyr å forlate mannen og barnet sitt.

Machu planlegger å tjene penger på klankamp og reise til jorda med Shuji og Nyaan, men på kampdagen blir hun fanget av Xavier. Det ser ut til at reisen til jorda vil fortsette å bare være en drøm, men plutselig er Nyaan…

Annqi oppdager Shujis gjemmested. Informasjon om Den røde gundamen viser seg å være verdt mer enn pengepremien fra klankamp, og Machu finner ut at Annqi planlegger å selge informasjonen videre under klankampen. Samtidig oppdager Jordføderasjonens etterretningstjeneste Kycilias topphemmelige informasjon…

Når Machu oppdager Annqis plan, legger hun en egen plan med Nyaan for å bruke klankamp som en rømningsmetode. Men motstanderen i deres neste kamp viser seg å være en helt ny mobil rustning styrt av terrorister som har som mål å drepe Kycilia.

Mot slutten av ettårskrigen har Sodon-flåten, ledet av Char, tatt av for å beskytte Granada og stoppe jordføderasjonens styrker i å styrte Solomon-festningen. Fem år senere var Nyaan i Granada sammen med Kycilia.

Ved hjelp av en mystisk melding, rømmer Machu fra Sodon og setter kursen alene mot jorda i GQuuuuuuX. Etter å ha krasjlandet på jorda, blir hun reddet av en snill herskerinne som blir holdt fanget i Kabas-godset. Machu bestemmer seg for å rømme med henne og forsøker å slippe unna i en Core Fighter.

For å forhindre at Yomagn'tho forårsaker ødeleggelse, tar Machu imot et oppdrag fra Challia Bull om å redde rosejenta, men Kycilia slår til først. Nyaans mobile drakt, GFreD, begynner å aktivere Zeknova-kanonen. Dens mål: hele menneskeheten på jorda…

Machus GQuuuuuuX kjemper mot Nyaans GFreD i et forsøk på å redde rosejenta. Med Shujis hjelp kommer Machu seg til slutt inn i hjertet av Yomagn'tho. Der møter hun Char og Kycilia.

Dette er sluttspillet. En hvit mobil drakt dukker opp fra den andre siden og forsøker å drepe Lalah. Machu blir sjokkert når hun oppdager at piloten av Den hvite djevelen er selveste Shuji. Machu former en MAV med Nyaan og kjemper mot Shuji for å beskytte Lalah.