Amate Yuzuriha, die in de Izuma-kolonie woont en op de middelbare school zit, leert koerier Nyaan kennen.

Een incident bij Side 7 tijdens de eenjarige oorlog tussen het vorstendom Zeon en de Aardefederatie verandert het verloop van de strijd.

Amate leert een jongen genaamd Shuji kennen, de piloot van de rode Gundam. Omdat ze maar blijft denken aan de bijzondere gloed van het heelal, een sensatie die ze samen hadden, stelt ze voor om als MAVs aan clanbattles mee te doen. Amate besluit om onder de naam Machu te vechten.

Een superunicum dat bekendstaat als de Heks, een piloot die ruim 100 vijanden neerhaalde tijdens de eenjarige oorlog, doet mee aan de clanbattle om een oude rekening met de rode Gundam te vereffenen. Amate ziet met eigen ogen hoever de obsessie van een mens kan gaan als de Heks zich blijft vastklampen aan battles met Mobile Suits, zelfs als ze dat betekent dat ze haar man en kind nooit meer ziet.

Machu wil met het geld dat ze met clanbattles verdient naar aarde reizen met Shuji en Nyaan. Op de dag van de battle wordt Machu echter gespot door Xavier en komt ze vast te zitten op het treinstation, waardoor hun reis naar aarde voorlopig een droom lijkt te blijven. Op dat moment besluit Nyaan…

Annqi ontdekt waar de schuilplaats van Shuji is. Omdat het prijzengeld van de clanbattles in het niet valt bij de beloning die wordt uitgeloofd voor informatie over de rode Gundam. Machu komt erachter dat Annqi tijdens de volgende clanbattle munt wil slaan uit deze kennis. De inlichtingendienst van de Aardefederatie krijgt strikt geheime informatie over Kycilia in handen en besluit om…

Machu en Nyaan willen het plan van Annqi dwarsbomen door Shuji tijdens de volgende clanbattle te helpen ontsnappen, maar dan blijkt hun tegenstander een onbekende Mobile Suit te zijn van terroristen die een aanslag op Kycilia willen plegen.

Tegen het einde van de eenjarige oorlog probeert de vloot van Sodon onder leiding van Char te voorkomen dat de Aardefederatie de maanbasis Granada vernietigt door het ruimtefort Solomon op de maan neer te laten storten.

Mysterieuze berichten helpen Machu ontsnappen van de Sodon, waarna ze in haar eentje afdaalt naar de aarde in GQuuuuuuX. Ze moet een noodlanding maken en wordt gered door een vrouw die gevangen wordt gehouden op het landgoed Kabas. Machu besluit om met haar te vluchten.

Challia Bull stuurt Machu op een missie om het meisje in de roos te redden om grootschalige verwoesting door Yomagn'tho te voorkomen. Kycilia is echter de eerste die haar slag slaat. De Mobile Suit van Nyaan, de GFreD, start de activatie van het zeknovakannon. Het doelwit: alle mensen op aarde.

Als Machu het meisje in de Roos probeert te redden, moet ze het in GQuuuuuuX opnemen tegen Nyaan in GFreD. Uiteindelijk dringt ze met hulp van Shuji door tot het hart van Yomagn'tho, waar ze Char en Kycilia aantreft.

Het eindspel is aangebroken. Een witte Mobile Suit komt over van de andere kant om Lalah te doden. Tot Machu's grote schrik is de piloot van de zogenoemde Witte Duivel niemand minder dan Shuji. Machu en Nyaan besluiten het als MAVs tegen hem op te nemen om Lalah te beschermen.