Da gymnasieeleven Amate, der bor i en rumkoloni, møder kureren Nyaan, bliver hun involveret med en ulovlig skrothandler. Amate kan ikke klare militærpolitiets vold mod det mystiske mobile suit, den røde Gundam, og hopper ind i det nyeste mobile suit, GQuuuuuuX.

Toppiloten Char fra fyrstedømmet Zeon erobrer det nye mobile suit Gundam fra Jordens føderation på Side-7. Den handling bliver et omdrejningspunkt for etårskrigens gang og fører til fyrstedømmet Zeons sejr. Men lige før krigens afslutning, Gundam og Char …

Amate bliver modvilligt involveret i den ulovlige mobile suit kampsport kaldet klankampen.Midt i uroen møder hun drengen Shuji, der er pilot for den røde Gundam.Amate forslår, at de slår sig sammen som Mavs og deltager i klankampen.Under kaldenavnet ”Machu” kæmper Amate igen i rummet i GQuuuuuuX.

Elitepiloten ”Heksen”, der skød over 100 fjender ned under etårskrigen, deltager i klankampen for at få hævn over den røde Gundam. Heksen er besat af mobile suit-kampe på bekostning af sin familie, og Machu oplever, hvordan denne besættelse kan tage rod i menneskets dybde.

Machu planlægger at vinde penge i klankampen og rejse til Jorden med Shuji og Nyaan. Men på klankampdagen fanger Xavier hende. De når aldrig til Jorden uden at kæmpe. I det øjeblik, tager Nyaan …

Annqi opdager Shujis skjulested. Oplysninger om den røde Gundam er mere værd end nogen klankampgevinst. Machu opdager, at Annqi planlægger at sælge informationen under klankampen. Da Jordføderationens efterretningstjeneste finder ud af Kycilias hemmelige plan, beslutter de at …

Da Machu opdager Annqis plan, udtænker hun selv en plan med Nyaan om at bruge klankampen til at hjælpe Shuji med at flygte. Men i den næste klankamp viser det sig, at deres modstander er en nybygget mobile dragt, der bliver styret af terrorister, der vil begå attentat mod Kycilia.

Mod slutningen af etårskrigen forsøger Sodon-flåden, der er under Chars kommando, at stoppe føderationen i at slynge Solomon-fæstningen ind i månebasen Granada.

Machu undslipper Sodon med hjælp fra mystiske beskeder og nødlander på Jorden i GQuuuuuuX. På Jorden bliver hun reddet af en kvinde, der bliver kaldt ”frøkenen”, som er fanget på Kabas Gods. Machu beslutter sig for at redde hende og forsøger at flygte i en Core Fighter.

Challia Bull giver Machu en mission om at redde den Syriske rosefor at forhindre, at Yomagn'tho tilintetgør alt. Men Kycilia tager det første træk. Nyaans mobile suit, GFreD, begynder at aktivere Zeknova-kanonen. Dens mål er alle mennesker på Jorden.

Machus GQuuuuuuX kæmper imod Nyaans GFreD, mens hun prøver at redde den Syriske rose. Shuji fører Machu ind i Yomagn'thos indre, hvor hun møder Char og Kycilia.

I seriens slutspil dukker et hvidt mobile suit op fra den anden side, der forsøger at dræbe Lalah. Det kommer som et chok for Machu, da hun opdager, at den hvide djævel er Shuji. Machu vil beskytte Lalah og bliver Mavs med Nyaan for at kæmpe mod Shuji.