I den siste sesongen av The Last Ship er verden i ferd med å komme seg etter det dødelige viruset, men politisk uro gjenstår. Tom Chandler har gått av med pensjon, og hans tidligere mannskap har spredt seg, og mange stiger i marinenes rekker. Sasha, Danny, Wolf og Azima er på et hemmelig oppdrag i Panama når de urettmessig blir involvert i en brutal forbrytelse.
