שינג'י מתעורר אחרי 14 שנים על סיונה של ספינת הקרב איי-איי-איי וונדר, ששייכת לארגון מחתרתי המורכב מחברי נרוו לשעבר. שינג'י שומע את קולה של ריי בוקע מתוך אווה-09, שנשלחה להציל אותו, עוזב את וונדר ויוצא לעבר נרוו. קוורו נגיסה מראה לשינג'י את האדמה אחרי השינוי. הוא מגלה שהצלתה של ריי גרמה לפגיעה השלישית, שהביאה לנזק אדיר בכדור הארץ.
