Shinji herää 14 vuoden jälkeen Wunder-taistelualuksella. Alus kuuluu NERViä vastustavalle järjestölle, jonka ovat perustaneet entiset NERVin jäsenet. Rein äänellä puhuva EVA Mark.09 saapuu pelastamaan Shinjin, joten Shinji jättää Wunderin ja suuntaa kohti NERViä. Kaworu Nagisa näyttää Shinjille muuttuneen maailman, ja Shinjille selviää, että Rein pelastamisella oli katastrofaaliset seuraukset.
