Shinji acorda após 14 anos a bordo da AAA Wunder, que pertence a uma organização anti-NERV fundada por ex-membros da NERV. Shinji ouve a voz de Rei vinda da EVA Mark.09, enviada para resgatá-lo, e sai da Wunder, indo para a NERV. Kaworu Nagisa mostra a Shinji a terra transformada. Ele descobre que salvar Rei desencadeou o Quase Terceiro Impacto, que causou os danos catastróficos na Terra.
