Спустя 14 лет Синдзи просыпается на борту боевого корабля AAA «Вундер», принадлежащего организации, созданной бывшими членами «Нерв». Синдзи слышит голос Рей из ЕВЫ Марк.09, которую послали его спасти, уходит с «Вундера» и отправляется в «Нерв». Каору Нагиса показывает Синдзи трансформированную Землю. Он узнает, что спасение Рей привело к Третьему удару, нанесшему катастрофический ущерб Земле.