Renton Thurston è un ragazzino di 14 anni, figlio del celebre Adrock Thurston, uno scienziato che diede la propria vita per salvare il pianeta da una catastrofe. Il giovane Renton vive una vita grigia e noiosa insieme al nonno, sognando di fuggire e di unirsi al Gekkostate, il gruppo di Reffers più famosi del mondo.

Renton ha appena trovato il coraggio di usare la sua tavola da Ref per raggiungere Eureka a bordo del Nirvash e consegnarle l'Amita Drive. Non appena l'oggetto viene attivato succede qualcosa di portentoso: si attiva il Programma Satori e il Nirvash acquisisce un potere straordinario in grado di sgominare la squadriglia dell'aviazione contro cui i membri del Gekkostate stanno combattendo.

Mentre Holland cerca di spiegare a Renton le buone ragioni per cui dovrebbe unirsi al Gekkostate, la flotta Izumo, comandata dal capitano Jurgens, blocca l'aeroporto di Belforest, sperando di riuscire a mettere il Gekkostate con le spalle al muro.

Trovatosi finalmente a vivere in mezzo ai Gekkostate, Renton scoprirà però presto che i suoi idoli non passano certo il tempo a fare reffing, ma piuttosto vivono alla giornata e sono spesso a corto di soldi. Tanto che dopo una breve riunione Hap proporrà di partecipare a una missione alquanto immorale pur di racimolare un po' di soldi.

Talho sente per caso Renton lamentarsi per il suo amore non corrisposto e lo ricatta costringendolo a diventare il suo schiavetto personale. Holland, Eureka, Hilda e Talho devono scendere a terra per acquisti, e la ragazza pensa di trascinarsi dietro Renton per portare in giro sacchetti e pacchi.

I figli adottivi di Eureka hanno dichiarato guerra a Renton, vedendolo come una minaccia che potrebbe "rubare" l'affetto della loro mamma. Quindi organizzano una serie di scherzi nel tentativo di farlo fuggire dalla Gekko-go, ai quali il ragazzo non può reagire per non fare arrabbiare Eureka.

Per non venir meno al tradizionale nonnismo che regna sulla Gekko-go, i membri del Gekkostate decidono di coinvolgere Renton in uno scherzo di iniziazione. Al protagonista viene affidato l'incarico di consegnare un piatto di ramen a un misterioso referente.

Holland decide di catturare una presunta terrorista, membro del gruppo chiamato Vodarac, per intascare la taglia su di lei. La persona in questione si rivela invece essere una innocua vecchietta, e i Vodarac sembrano essere più un movimento religioso che un'organizzazione terroristica.

Dopo essere stato preso a pugni da Holland, Renton abbandona il Gekkostate e vaga per Ciudades del Cielo fino a incontrare Tiptree, la donna appartenente alla comunità Vodarac che poco prima era stata ospite della Gekko-Go.

Sulla Gekko-Go si diffonde la notizia che sta per comparire un'onda gigantesca. L'agitazione nell'equipaggio è notevole, anche se il punto migliore per cavalcarla si trova nell'altro emisfero e serve addirittura lanciarsi fuori dell'atmosfera per raggiungerlo in tempo.

Eureka sembra non essersi ancora pienamente ripresa, ma l'inaspettata apparizione di un Coralian nel cielo sopra Southailess mette in moto l'intero equipaggio della Gekko-Go. L'avvicinamento al Coralian è in corso quando i piloti vengono improvvisamente attaccati dal The End, un potente LFO guidato dalla pericolosa e mentalmente instabile Anemone.

Mentre il Gekkostate e la nave capitanata da Jurgens si affrontano nell'orbita della nube del Coralian, al suo interno Renton affronta il The End di Anemone. Il giovane protagonista viene trascinato in una misteriosa esperienza onirica dalla quale Eureka riuscirà a farlo fuggire.

Dominic e Renton si recano in un ospedale militare per cercare farmaci utili a stabilizzare le condizioni di Eureka e Anemone. Nel frattempo, le rispettive navi appoggio si preparano al recupero dei propri naufraghi.

Prima Stoner e poi Dominic ripercorrono, attraverso i propri pensieri e riflessioni, gli eventi significativi accaduti fino a questo momento.

Tutti i membri del Gekkostate sono in preda ad una mania salutista. Renton, Eureka e Mathieu si dirigono verso Controrado, una cittadina in cui si possono trovare i frutti del Pancha. Mentre cercano di rubarli, vengono fermati dallo zio di Renton.

A causa dei danni subiti dalla Gekko-go, Holland e il suo equipaggio sono costretti a rifugiarsi in un vecchio sito militare abbandonato e a occuparsi della manutenzione della nave.

La riparazione della Gekko-Go va per le lunghe, così Ken-Goh, per accelerare i tempi, propone di andare a trattare con un vecchio amico che produce reflection film. Il vecchio amico però è morto e al suo posto, Ken-Goh, Renton, Stoner e Matthieu trovano ad accoglierli il figlio Edmond, ubriacone disilluso e arrogante.

Durante le riparazioni della Gekko-go, Renton e gli altri si imbattono in un anziano minatore che sembra aver trovato una buona vena di LFO. Ma alla vista del Nirvash, il vecchio decide di accorciare i tempi e rubare il Nirvash, invece di estrarre onestamente i suoi LFO.

Eureka e Renton vengono convinti o costretti a tornare alla Gekko-go. I bambini, impauriti per lo stato di Eureka, sembrano evitarla, e lei si convince che anche loro, come il Nirvash, l'abbiano abbandonata. Questo la spinge a scappare dalla nave e a salire sul Nirvash, che improvvisamente si mette in moto e la porta nelle profondità delle grotte.

Eureka sta molto male e Renton teme per la sua vita. Holland, tuttavia, non sembra intenzionato a portarla all'ospedale; anzi, si getta in una missione rischiosissima apparentemente allettato dalla forte ricompensa. Questo fa infuriare il ragazzo che si scontra con Holland, e ovviamente ha la peggio.

Eureka, grazie all'aiuto di una sacerdotessa, supera la crisi, ma fa sapere ai membri del Gekkostate che la causa di quanto accaduto è Renton. Presto la voce giunge al diretto interessato che, dopo aver fatto visita di nascosto a Eureka, decide di abbandonare la nave.

Mentre sulla Gekko-go regna l'incertezza sul da farsi, Renton prosegue nella sua fuga solitaria e finisce per vivere come un vagabondo. Dopo essersi addormentato su una panchina in periferia si ritrova in mezzo a un rave dove conosce Charles Beams, ex militare, ora guardia del corpo privata.

Mentre sulla Gekko-Go la partenza di Renton viene tenuta nascosta ad Eureka più a lungo possibile, Renton si incaponisce nel voler salvare la vita a una ragazza molto malata, membro del culto di Vodarac, senza rendersi conto delle implicazioni morali e sociali a cui va incontro.

A bordo della nave di Charles e Ray Beams, Renton inizia ad affezionarsi molto alla coppia, tanto più che i due coniugi gli chiedono di iniziare a considerarli come suoi genitori adottivi. Ma presto verrà a galla la verità sul loro conto e Renton sarà costretto a compiere una scelta molto difficile.