Anno 0079 dell'Era Universale. Peter Rei, un giovane di Side 7, si ritrova suo malgrado a difendere la colonia dall'incursione di due giganteschi robot, alla guida della nuova arma della Federazione: il Gundam, un potentissimo robot, con il quale sbaraglia gli avversari, pur non sapendo manovrarlo correttamente.

L'attacco a Side 7 è iniziato e tra i feriti gravi vi è anche il comandante della Base Bianca. Scia, che ha ricevuto dal suo sottoposto Slender un rapporto su Gundam, decide di recarsi di persona a controllare.

La Base Bianca ha preso il volo verso Luna 2, ma Scia la segue a bordo del suo Musai, però senza poterla attaccare, perché a corto di munizioni. Avvistata la nave rifornimento che s'avvia a trasferire il suo carico d'armi sul Musai, Bright si trova di fronte a una difficile scelta: cercare di fuggire su Luna 2 o abbattere la nave prima che possa caricare le armi sul Musai?

Finalmente arrivati su Luna 2, i nostri amici trovano una brutta sorpresa: il comandante della base, Wackein, si rifiuta di accogliere i civili e anzi mette in isolamento Bright e gli altri della Base Bianca con l'accusa di aver permesso a un civile come Peter Rei di utilizzare un'arma segreta quale è il Gundam.

Mentre la Base Bianca si avvia finalmente a entrare nell'atmosfera terrestre, Scia sferra un nuovo attacco! Peter Rei esce per affrontarlo, ma deve tornare alla Base Bianca entro quattro minuti, altrimenti il Gundam fonderà per l'attrito con l'atmosfera!

La nave di Scia prende terra all'interno della corazzata Gaw, l'ammiraglia di Garma, figlio di Degwin Zabi ed ex-compagno d'accademia militare di Scia. Garma manda all'attacco della Base Bianca una formazione di Dop e quando Peter Rei e Hayato escono col Guntank per contrapporsi agli avversari, invia anche dei Magella Attack.

Per la Base Bianca le milizie di Jion non sono l'unico problema: il migliaio di civili di Side 7 che la nave ospita vuole scendere a terra e prende in ostaggio Mirka e Kikka per cercare di convincere Bright.

Jion si prepara a sferrare l'attacco alla Base Bianca nei cieli sopra il lago Mid. Bright chiede a Garma di accettare una tregua mentre i civili vengono condotti a terra e l'ufficiale di Jion, più con l'intenzione di prender tempo per completare il carico di armi terra-terra che non per pietà verso i profughi di Side 7, dà il suo consenso.

Ormai armi e vettovaglie cominciano a mancare sulla Base Bianca, e l'insoddisfazione tra civili ed equipaggio si fa ogni giorno più forte: lo stesso Peter Rei ha ormai perso ogni voglia di combattere, ma quando Bright lo sprona con forza a contrapporsi di nuovo a Scia, ritrova nuova energia e sale sul Gundam per aiutare Ryu e Hayato.

Al quartier generale nordamericano di Jion si sta tenendo un ricevimento a cui partecipano anche Scia e Garma. Quest'ultimo ben presto si apparta con la sua amata Esterina e i due si scambiano promesse d'amore: se il padre della ragazza non acconsentirà al loro matrimonio, Garma si dichiarerà pronto a spogliarsi della divisa di Jion!

Decisa a vendicare l'amato Garma, Esterina progetta con l'aiuto di un ufficiale, Darota, di attaccare la Base Bianca con tre Gaw.

Dopo la defenestrazione di Scia, il maggiore Ramba Ral è diventato il nuovo responsabile delle operazioni di Jion sulla Terra. Durante la sua prima operazione svolta a bordo della nuova corazzata Zanzibar, si imbatte nella Base Bianca.

La Base Bianca è arrivata in Giappone e Peter Rei e compagni hanno finalmente l'occasione per rincontrare i loro cari. Peter Rei scopre che sua madre lavora in un campo di sfollati controllato da Jion, cosicché è costretto a nascondersi sotto le coperte di un letto dell'infermeria.

I responsabili di una base avanzata di Jion, comandati da Kuwaran, cercano di abbattere il Gundam indipendentemente da Ramba Ral: lo aggrediscono con dei wappa, piccoli mezzi monoposto, dai quali attaccano delle bombe a tempo sulla corazza del Gundam.

La Base Bianca vola sul deserto del Gobi alla ricerca del lago salato di Kan, per fare rifornimento di sale.

Peter Rei studia i dati dello Zac catturato per simulare degli scontri con Gundam. Intanto il soldato di Jion catturato sul deserto del Gobi riesce a fuggire dalla cella e a comunicare con Ramba Ral.

Mirka sta percorrendo il deserto alla ricerca di Peter Rei. Quando lo trova, questi le comunica la sua intenzione di non voler tornare per nulla al mondo a bordo della Base Bianca.

Peter Rei arriva in una taverna per sfamarsi e qui trova le truppe di Ramba Ral assieme all'affascinante Hamon Ral. All'improvviso irrompono nel locale dei soldati di Jion che conducono Mirka, catturata mentre vagava nel deserto alla ricerca di Peter Rei.

Problemi sia alla Base Bianca che nelle file di Jion: il caso della fuga di Peter Rei sta creando scompiglio tra i piloti da una parte e Bright dall'altra. Nel contempo Makube, intenzionato a liberarsi di Ramba Ral, rifiuta di garantirgli i rifornimenti richiesti.

Makube invia solo scarsissimi rifornimenti a Hamon Ral, che però decide di continuare a combattere in nome del marito morto. Intanto Peter Rei è stato rinchiuso di nuovo nella cella di sicurezza e Ryu cerca di consolarlo, ma mentre gli parla crolla al suolo.

Tanto Makube quanto la Base Bianca stanno passando un momento di gravissimo pericolo: dopo aver visto distruggere molte delle sue basi segrete, l'ufficiale di Jion decide di andare al contrattacco con tutti i mezzi. La Base Bianca, da parte sua, soffre della mancanza di Bright, febbricitante per il troppo stress accumulato.

La Base Bianca è riuscita a rifugiarsi sul fondo di una vallata dove procedono febbrilmente i lavori di riparazione. Lebil ordina a Macirda di portare alla nave i rifornimenti necessari ma, tradita da una spia, viene assalita in volo dalle truppe di Makube.

Kirisha Zabi invia in aiuto a Makube il terribile terzetto della Costellazione Nera , composto da tre velocissimi Dom forniti di hovercraft e pilotati da Gaia, Mash e Ortega.

Guidata da Lebil, è iniziata l'operazione Odissea, che consiste nella distruzione di tutte le basi euroasiatiche di Makube. Intanto Peter Rei, mentre aiuta Seira nelle esercitazioni al G-Sky, vede un mezzo federale uscire da una base di Jion, e, supposto si tratti di una spia, lo segue sino alla nave federale Big Tray.

L'esercito di Jion sta ormai lasciando l'Europa e la Base Bianca si rifugia a Belfast per le riparazioni. Ma una giovane spia, Mihal Latokie, avverte il sommergibile Mad Angler dell'avvicinamento della corazzata federale.