I pilotafsnittet af "Butterfly" konfronteres David Jung, en koreansk-amerikansk mand, der iscenesatte sin egen død for ni år siden, med sin fortid, da hans datter Rebecca, der nu arbejder som snigmorder for det private efterretningsbureau Caddis, bliver sendt ud for at dræbe ham.

David og Rebecca er på flugt fra Caddis efter et anspændt møde ved en politikontrol. Men deres uventede genforening kompliceres af Rebeccas vrede over, at hendes far forlod hende.

Rebecca, David og hans familie flygter til et skjulested i kystbyen Busan. Spændingerne i familien stiger, mens Rebecca kæmper med sin fars nye familie. Og en chokerende afsløring om Davids fortid med Juno kommer frem under en voldsom konfrontation i en marina.

Efter at have bortført Oliver bruger David og Rebecca de oplysninger, de har fået fra ham til at udtænke en plan for at finde Juno, hvilket fører dem tilbage til Seoul, hvor Gun og Caddis venter.

Juno afhører Oliver og opdager, at han forrådte hende, mens han blev holdt fanget af David. I mellemtiden gennemfører David og Rebecca en PSYOP-kampagne mod Juno med det formål at splitte hende og Oliver ad og få Caddis ned med nakken én gang for alle.

David forfølger Rebecca, efter at hun er blevet fanget af Juno og Caddis-agenter, hvilket fører til en biljagt og et brutalt bagholdsangreb på en forladt fabrik.