Tayangan perdana musim ini. Kira-kira tiga bulan selepas peristiwa akhir dalam musim pertama, USS Cerritos dikerahkan dalam sebuah misi yang mengakibatkan mereka bertembung dengan "tenaga pelik."

Kru Dek Bawah menghadapi masalah untuk berkawan rapat membiasakan dir) dengan Ensain Jet Manhaver, yang telah memberikan tugas dan syif berganda kepada Boimler. Sementara itu, kita dapat melihat kehidupan Boimler di USS Titan yang lebih menggerunkan, tak seperti yang dia sangkakan.

Tendi, yang telah diberikan tugasan khas oleh Dr. T’Ana meminta bantuan Mariner. Di USS Cerritos, Rutherford berhadapan dengan misteri kru anjungan.

U.S.S. Cerritos dihantar ke sebuah planet untuk menyiasat Mugato berbahaya yang menjadi tanda tanya.

Mariner dan Boimler cuba menjejaki lokasi pesta Starfleet legenda manakala kru jambatan berurusan dengan diplomat makhluk asing yang tidak berkeyakinan.

Hari penyatuan anomali di USS Cerritos meninggalkan Dek Bawah dengan emosi yang bercampur-campur. Kapten Freeman cuba membuat perundingan damai di dunia asal Pakled.

Mariner dan Boimler terkandas di planet yang tidak berpenghuni dengan komputer yang hidup. Di Cerritos, Lt. Komander Billups perlu membuktikan kebolehan kejuruteraannya kepada musuh lama.

Seorang pakar runding tiba di USS Cerritos untuk menjalankan latihan yang memerlukan dek bawah dan kru jambatan untuk bertukar tugas.

Boimler cuba mencari rakan anjungan sementara USS Cerritos mempunyai masa senggang yang panjang semasa trip penganjak yang lama.

Pada akhir musim kedua, USS Cerritos ditugaskan untuk membantu kapal luar angkasa lain dalam misi pertembungan pertama.