Depuis un an, une bâche recouvre la Porte des étoiles et des militaires en faction la surveillent négligemment en jouant au poker. Soudain, elle se réactive. Des extraterrestres à tête de serpent portant d'étranges armures égyptiennes tuent quatre soldats et enlèvent le lieutenant.

Dans cette histoire palpitante de "survie du plus apte", O'Neill (Richard Dean Anderson) et l'équipe SG-1 doivent tenter d'enlever une larve de Goa'uld qui infecte le cerveau de Kawalsky (Jay Acovone), mais le temps leur est compté.

Sur la planète Simarka, où les féroces Shavadai maltraitent les femmes, le capitaine Samantha Carter (Amanda Tapping) défie leurs coutumes dans une joute d'esprit qui peut apporter l'égalité aux femmes ou les laisser en citoyennes de seconde zone.

Après être revenus d'une planète avec un côté civilisé et un côté primitif, ils deviennent infectés et répandent un virus. Teal'c et Jackson pourront-ils trouver la cause ou leurs collègues sont-ils destinés à devenir des hommes des cavernes ?

L'équipe est envoyée à la recherche de SG-9 qui n'est pas rentrée. Le capitaine de SG-9 (William Russ), après avoir été traité comme un dieu par les habitants de la planète, a pris le pouvoir et tyrannise les locaux. Pourront-ils l'arrêter ?

Un étrange cristal frappe O'Neill, le remplaçant par un double qui retourne sur Terre avec l'équipe pour trouver la cause du chagrin d'O'Neill, la mort de son fils. Mais le double est dangereusement instable. O'Neill peut-il rentrer les sauver ?

Quand une embuscade se passe très mal et que l'équipe SG-1 subit des pertes, les pacifiques Nox leur rendent la vie. Mais si ce peuple doux peut ressusciter les morts, peut-il résister à la technologie mortelle des Goa'ulds ?

Sur la mystérieuse planète Argos, la belle Kynthia séduit O'Neill, ce qui veut dire qu'il est condamné à la durée de vie argosienne de 100 jours. Alors qu'il vieillit, son équipe trouvera-t-elle le remède qu'elle cherche frénétiquement ?

En cherchant des alliés contre les Goa'uld, l'équipe SG-1 arrive sur Cimmeria, terre des dieux nordiques. Teal'c et O'Neill sont transportés dans un labyrinthe souterrain où vit l'effroyable créature Unas. Carter et Daniel peuvent-ils les sauver ?

Le Dr Daniel Jackson découvre qu'en 1945, un jeune professeur a franchi la porte des étoiles et n'est jamais revenu. Avec sa fiancée toujours en vie, l'équipe le découvre maintenant âgé, piégé dans une forteresse en ruine.

Devant ramener une larve de Goa'uld pour étude, Teal'c (Christopher Judge) retourne sur Chulak pour empêcher les Goa'ulds de réduire son fils Rya'c en esclavage. Rya'c a besoin d'une larve pour survivre et la seule disponible est celle de Teal'c.

L'équipe SG-1 revient de la planète Oannes en panique et sans Daniel qu'ils ont vu être dévoré par une colonne de flammes. Mais alors que ses camarades le pleurent sur Terre, Daniel a été capturé par une créature amphibie humanoïde appelée Nem.

La Goa'uld Hathor (Suanne Braun) s'échappe d'une pyramide au Mexique. Au QG Stargate, elle utilise ses charmes et séduit les hommes pour qu'ils l'aident à conquérir le monde. Samantha Carter et ses collègues femmes pourront-elles l'en empêcher ?

Le capitaine Carter revient avec la seule survivante d'une peste planétaire, Cassandra, une fillette. Alors qu'elle s'attache à elle, Carter découvre son terrible secret, une bombe à retardement des Goa'ulds. Peut-elle sauver la fille et le monde ?

Le colonel O'Neill et l'équipe arrivent sur Chartago où Teal'c est reconnu en tant qu'ancien chef des Jaffa du sinistre Goa'uld Apophis. Il est arrêté pour meurtre et jugé au péril de sa vie. Ses camarades peuvent-ils le sauver ?

L'équipe SG-1 sauve un groupe de survivants très avancés de la planète cataclysmique Tollan. Pour empêcher le savoir légendaire des Tollans de tomber entre de mauvaises mains, O'Neill et son équipe parient tout sur un sauvetage à travers l'univers.

Après une défaillance de la porte des étoiles, O'Neill et Carter se retrouvent coincés sur une planète gelée. O'Neill est gravement blessé, les deux meurent de froid et personne ne peut trouver dans quelle section de l'univers ils sont piégés !

À leur arrivée sur la planète PX3-989, le mystérieux extraterrestre Harlan fait s'évanouir l'équipe SG-1. En retournant sur Terre, ils découvrent que leurs esprits ont été mis dans des androïdes. L'équipe pourra-t-elle récupérer ses corps et âmes ?

Un mystérieux miroir transporte le Dr Daniel Jackson (Michael Shanks) dans une autre dimension. Il se retrouve soudain sur une Terre alternative attaquée par les Goa'ulds. Peut-il rentrer dans sa dimension et sauver le monde ?

Seul Daniel Jackson (Michael Shanks) sait que les Goa'ulds prévoient d'envahir la Terre. Mais personne ne le prend au sérieux, en fait les autorités ont décidé d'arrêter le coûteux programme Stargate et de fermer la porte pour toujours.

L'équipe SG-1 désobéit aux ordres et se transporte dans le quartier général Goa'uld. Arrivant au milieu des préparatifs pour une frappe contre la Terre, le chemin du retour est bloqué. L'équipe peut-elle empêcher le désastre et sauver l'humanité ?