Serangkaian ledakan mengguncang Gotham. Batman terlibat di tengah perang wilayah antara rival bos kejahatan Rupert Thorne dan Penguin. Sementara itu, Komisaris Gordon dan putrinya, Barbara, mencari cara memperbaiki Sistem Peradilan Pidana Gotham yang korup dari dalam.

Ketika seorang bintang film glamor menghilang, Batman dan Detektif Montoya terjerat dalam jaringan gelap seorang penuntut balas misterius yang menghantui panggung musik.

Setelah ayahnya yang multijutawan masuk penjara, meninggalkannya kekurangan uang, penggila sensasi Selina Kyle beralih ke kehidupan kriminal sebagai Catwoman, yang nekat dan selalu menghindari hukum. Batman menyusun rencana untuk mengakhiri kejahatannya, sementara dua detektif polisi pemberontak bermaksud memastikan dia menghabiskan sembilan nyawanya dalam sekali kejatuhan.

Saat Wali Kota Jessop membentuk satgas untuk menangkap Batman, Detektif Montoya ditunjuk sebagai penanggung jawab. Detektif Flass dan Bullock mengambil tindakan sendiri dalam upaya menjebak Batman, menempatkan Gotham dalam bahaya besar.

Seseorang menculik dan mencuci otak para pria kaya dan berkuasa di Gotham, dan Batman harus mencari tahu pelaku dan alasannya. Ketika Barbara Gordon mulai mencurigai salah satu temannya mungkin terlibat dalam penculikan tersebut, investigasinya membuat dia berhadapan dengan sang Dark Knight.

Setelah serangkaian perampokan di Gotham, Batman bergulat dengan kemungkinan bahwa pelakunya mungkin berasal dari alam kubur. Sementara itu, moralitas Harvey Dent diuji ketika donasi kampanye yang besar datang dari sumber yang paling jahat.

Setelah upaya pembunuhan gagal terhadap nyawa Komisaris Gordon, Montoya bersumpah melakukan segala daya untuk melindungi Gordon. Investigasi Batman terhadap pelaku yang berada di balik serangan itu membawanya ke lubang yang dalam dengan hanya satu jawaban jelas: jangan percaya siapa pun.

Saat anak-anak mulai menghilang di acara kampanye Harvey Dent, penyelidikan Batman ke dalam pasar malam lokal yang menjadi tuan rumah acara tersebut mengungkap sesuatu yang jauh lebih jahat.

Setelah kecelakaan Harvey Dent, Batman dan Bruce Wayne harus berupaya menghentikan sang jaksa wilayah dalam misinya mencari keadilan yang salah.

Di akhir musim, upaya Barbara Gordon dan Batman menjaga Harvey Dent tetap aman sampai dia bersaksi di pengadilan menyebabkan perang besar-besaran antara pahlawan dan penjahat Gotham.