Uma série de explosões abala Gotham. O Batman se encontra em meio a uma luta por território entre os chefões do crime Rupert Thorne e Pinguim. Enquanto isso, o comissário Gordon e sua filha, Barbara, tentam encontrar maneiras de corrigir a corrupção que ocorre no sistema de justiça criminal.

Quando uma bela estrela de cinema desaparece, o Batman e a detetive Montoya se envolvem na rede obscura de um misterioso vingador que assombra os estúdios de gravação.

Após seu pai multimilionário ir para a prisão e deixá-la sem dinheiro, a diletante e caçadora de emoção Selina Kyle entra para o mundo do crime como a ousada Mulher-Gato, sempre escapando da lei. Batman elabora um plano para acabar com a onda de crimes dela, enquanto dois detetives policiais renegados planejam fazê-la gastar suas nove vidas de uma só vez.

O prefeito Jessop monta uma força-tarefa para capturar o Batman, e a detetive Montoya é colocada no comando. Os detetives Flass e Bullock decidem fazer justiça com as próprias mãos numa tentativa de prender o vigilante, colocando Gotham em grande perigo.

Alguém anda sequestrando e fazendo lavagem cerebral em homens poderosos e ricos de Gotham, e o Batman precisa descobrir quem é o responsável e o motivo por trás disso. Quando Barbara Gordon desconfia que uma de suas amigas pode estar envolvida no caso, a investigação a coloca em rota de colisão com o Cavaleiro das Trevas.

Após uma série de assaltos em Gotham, Batman enfrenta a possibilidade de o culpado ter vindo do além. Enquanto isso, a moralidade de Harvey Dent é testada quando uma generosa doação é feita para sua campanha, vinda de uma fonte nefasta.

Após o comissário Gordon ser vítima de uma tentativa fracassada de homicídio, a detetive Montoya promete fazer tudo o que estiver ao seu alcance para protegê-lo. A investigação de Batman a fim de descobrir o culpado o leva a uma trilha de perguntas com apenas uma resposta: não confie em ninguém.

Quando crianças começam a desaparecer durante um evento da campanha de Harvey Dent, Batman inicia uma investigação no parque de diversões onde o evento acontece e descobre algo muito mais sinistro.

Após o acidente com Harvey Dent, tanto Batman quanto Bruce Wayne precisam impedir o promotor de buscar o tipo errado de justiça.

No episódio final da temporada, a tentativa de Barbara Gordon e Batman em manter Harvey Dent seguro até a hora do depoimento no tribunal desperta uma guerra entre os heróis e vilões de Gotham.