Robbanássorozat rázza meg Gothamet. Batman a rivális bandavezérek, Rupert Thorne és Pingvin közötti területi háború kellős közepén találja magát. Eközben Gordon rendőrfelügyelő és lánya, Barbara azon dolgozik, hogyan lehetne belülről rendbe tenni Gotham korrupt bűnügyi igazságszolgáltatási rendszerét.

Amikor egy híres filmsztár eltűnik, Batman és Montoya nyomozó egy titokzatos igazságosztó ármánykodásába keverednek, aki a forgatási helyszíneken kísért.

Amikor Selina Kyle milliomos apja börtönbe jut, és ő pénzszűkébe kerül, Macskanővé válik, aki merész tolvajként minden alkalommal kijátssza a törvényt. Batman megpróbálja megállítani az ámokfutását, miközben két szélhámos nyomozó is el akarja kapni.

Amikor Jessop polgármester összeállít egy munkacsoportot Batman elfogására, Montoya nyomozót teszi az élére. Flass és Bullock nyomozók saját kezükbe veszik a dolgokat, hogy csapdába ejtsék Batmant, és ezzel Gothamet komoly veszélybe sodorják.

Gothamben valaki gazdag, befolyásos embereket rabol el és manipulálja, és Batmannek ki kell derítenie, hogy ki és miért teszi. Amikor Barbara Gordon gyanítani kezdi, hogy az egyik barátja is érintett lehet az emberrablásokban, a nyomozás során összeütközésbe kerül a Sötét Lovaggal.

Egy gothami rablássorozat után Batman fontolóra veszi annak lehetőségét, hogy a tolvajnak természetfeletti ereje lehet. Eközben Harvey Dent erkölcsi dilemma elé kerül, amikor jelentős kampányadományt kap egy erősen megkérdőjelezhető forrásból.

Miután egy Gordon rendőrfelügyelő elleni merénylet meghiúsul, Montoya megígéri, hogy mindenáron megvédi őt. Batman a támadó utáni nyomozás során arra a nyugtalanító felismerésre jut, hogy senkiben sem bízhat.

Amikor Harvey Dent kampányrendezvényén elkezdenek eltűnni a gyerekek, Batman a közeli búcsúban nyomoz, és egy baljóslatú dologra bukkan.

Harvey Dent balesete után Batmannek és Bruce Wayne-nek egyaránt meg kell akadályoznia, hogy az ügyész igazságtalanul járjon el.

Az évad fináléjában Barbara Gordon és Batman megpróbálja biztonságba helyezni Harvey Dentet, amíg nem tesz vallomást a bíróságon, ami Gotham hősei és gonosztevői között totális háborúhoz vezet.