Berikutan janji temu pertama yang buruk dengan Carly, Dr. Shaun Murphy mencadangkan pembedahan yang radikal untuk menyelamatkan nyawa seorang pengantin baharu. Sementara itu, selepas ketua bedah baharu, Dr. Audrey Lim, mengumumkan bahawa doktor pelatih boleh membuat pembedahan utama, Dr. Morgan Reznick dan Dr. Alex Park bersaing untuk membedah seorang pesakit tua yang ada kanser.

Shaun dan doktor pelatih baharu merawat seorang yang baik hati dengan pembedahan rahang eksperimental. Shaun memutuskan untuk cuba bercinta -- mengikut syaratnya. Debbie menggalakkan Glassman untuk campur tangan dalam percintaan Shaun biarpun dia tidak mahu berbuat demikian.

Dr. Claire Browne menghadapi masalah di rumah dan di tempat kerja seraya dia membuat persediaan untuk pembedahan utamanya buat kali pertama; pasukan perlu merawat kecederaan seorang nelayan tanpa merosakkan hasil tangkapannya yang bernilai.

Shaun, Park dan doktor pelatih merawat ahli teori konspirasi yang berkeras dia perlu jalani pembedahan kerana dia diracuni, bukan kerana penyakit genetik. Claire, Morgan dan Melendez merawat wanita yang apendiksnya pecah dan menyebabkan masalah perkahwinan. Glassman merapatkan lagi hubungannya dengan Debbie. Hanya Morgan tahu keadaan Claire dan ibunya. Shaun bergelut dengan percintaannya.

Shaun ditugaskan pembedahan utama buat kali pertama, tetapi pembedahan itu tidak berjalan dengan lancar. Claire, Morgan dan Melendez merawat seorang lelaki yang nampaknya kembali minum arak, tapi keyakinan isteri lelaki itu menyelamatkan nyawanya. Glassman mendapat tahu tentang rahsia Debbie. Hal ini yang membuatnya meragui sama ada hubungan mereka dapat bertahan.

Seraya Shaun menangani kekacauan sebelum melakukan pembedahan apendektomi, Park dan Melendez membuat persediaan untuk prosedur rumit yang melibatkan seorang ibu muda. Glassman menghadapi masalah pengupahan yang rumit.

Pesakit baharu Melendez dan Claire memaksa mereka untuk berhadapan dengan kesedihan sendiri. Gaya kerja Debbie menguji Glassman.

Cubaan Carly untuk lebih intim dengan Shaun membuat mereka berdua kecewa. Sementara itu, hubungan Lim dan Melendez dilanda cabaran seraya mereka berusaha untk mengasingkan kerja dengan kehidupan peribadi.

Shaun bersedia untuk langkah seterusnya dalam hubungannya dengan Carly; tetapi, dia masih menghadapi cabaran seraya mereka semakin rapat dan intim. Dia juga mendapat berita yang buruk tentang isu peribadi. Sementara itu, seorang pesakit muda perlu memilih rawatan yang akan menyelamatkan nyawanya atau menghancurkan perkahwinannya.

Dr. Shaun Murphy melawat bapanya yang hampir mati dan perjumpaan keluarga membawa hasil yang tidak dijangka. Sementara itu, Dr. Neil Melendez, Dr. Alex Park, Dr. Morgan Reznick dan Dr. Claire Browne merawat pemain bintang NFL yang mengalami kerosakan tulang belakang yang teruk; dan Claire bercakap tentang kesihatan mentalnya.

Seraya Shaun bergelut untuk menyeimbangi perasaannya terhadap Carly dan Lea, Claire menggunakan pengalamannya untuk membantu seorang pesakit. Andrews perlu memikirkan cara untuk membedah seorang wanita yang enggan menerima anestesia.

Seraya Carly dan Shaun cuba membaiki hubungan mereka, mereka perlu bekerjasama untuk merawat seorang pelari maraton yang mempunyai simptom yang aneh. Claire berjuang untuk membantu seorang remaja yang mendapat tumor otak buat kali kedua.

Masalah keluarga tercebut sewaktu ibu Morgan tiba di St. Bonaventure. Shaun sedar dia ada lebih banyak kerja dengan Carly.

Shaun menangani masalah popular kerana seorang pesakitnya ada banyak pengikut dalam talian. Claire, Park dan Melendez merawat seorang ibu dan anaknya yang ada hubungan yang mengejutkan.

Seraya Melendez menangani laporan tentang sikap berat sebelah di dalam pasukannya, Shaun mencadangkan pembedahan inovatif yang akan membolehkan seorang budak untuk bercakap buat kali pertama.

Seraya Shaun bertumpu kepada kerjanya setelah dia ditinggalkan Carly, Claire and Morgan harus bekerjasama untuk merawat simptom neurologikal seorang pelajar kolej.

Seraya Shaun memikat Lea dan Park cuba membaiki hubungannya dengan anaknya, pasukan memeriksa seorang wanita muda dengan simptom yang aneh, dan seorang pengajar belantara melawan jangkitan.

Seraya Shaun terus bergelut dengan kehilangan Lea, Morgan perlu membuat keputusan kerjaya yang susah. Permintaan seorang pesakit menimbulkan konflik antara Andrews dengan Lim.

Apabila kilang membuat bir dilanda gempa bumi, seluruh pasukan St. Bonaventure berusaha sedaya upaya untuk menyelamatkan pesakit – dan rakan kerja mereka.

Dalam bahagian kedua bagi epsiod terakhir, para doktor berlumba dengan masa dan menggadaikan keselamatan sendiri untuk menyelamatkan nyawa orang di sekeliling mereka.